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오네아미스 왕국에 평범한 계층으로 태어난 청년 시로츠구. 하늘을 날고 싶었던 시로츠구는 해군 파일럿에 지원하지만 성적 미달로 불합격하게 된다. 제트기 조종사에 대한 꿈을 접은 시로츠구는 대신 우주 비행사가 되기 위해 왕립우주군에 입대한다. 그러나 정작 희망을 갖고 들어간 왕립우주군은 유명무실한 집단으로 인공위성도 날려보지 못한 채 사람들에게 무시만 당한다. 동료 우주 비행사들 역시 무기력함에 빠져 술과 노름으로 시간을 보내고, 시로츠구도 우주 비행사에 대한 꿈을 잊게 된다. 아무런 목적 없이 허무하게 일상의 나날을 보내던 그는 어느 날 우연히 리이크니와의 만남을 계기로 세계 최초의 유인 우주선의 비행사가 되겠다는 희망을 되찾게 된다. 시로츠구의 열의는 무기력했던 우주군 동료들을 움직이고, 제자리를 맴돌던 유인 우주선 발사 계획은 본격적으로 진행된다. 하지만 국가 간의 음모에 의해 우주를 향한 시로츠구와 동료들의 도전은 위기를 맞게 된다.
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남자들로만 이루어진 젠트라디군과 여자들로만 이루어진 멜트란디군은 지구를 둘러싸고 계속해서 전쟁을 해오고 있었다. 갑자기 시행된 공격을 피하다 우주에서 표류하게된 초거대 요새전함 '마크로스'는 지구로의 힘겨운 여정을 진행하고 있다. 젠트라디의 또 다른 습격이 있던 어느날, 발키리 편대의 이치조 히카루는 우연히 유명 아이돌 린 민메이를 구해내게 된다. 이를 계기로 서로에게 빠져드는 두사람. 하지만 격화되는 전화 속에서 히카루는 항상 티격태격하던 상관 하야미 미사와 표류하게 되고, 히카루는 미사의 진지한 모습에 또 다른 호감을 느끼게 된다. 히카루와 민메이, 미사는 그런 마음의 동요를 가진 채 반복되는 전쟁을 겪어나가게 되는데..
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Professor Schgerda becomes number one in the business of international diamond trade. In order to stop his Stardust Project, Patalliro borrows the strength of Patalliro the 7th and Patalliro the 10th and creates the great Patalliro assembly.
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무대는 지금으로부터 머나먼 미래. 인류는 기술 발전의 폐해로 환경 파괴에 의해 멸망해 가는 지구를 재생시키기 위해 식민행성으로 이주했다. 컴퓨터 관리에 의해 정연히 살아가는 인류. 그 중에서 돌연변이로 탄생한 특수한 능력을 지닌 '뮤'라는 존재는 소외당한다. 가혹하게 탄압당하는 뮤들은 정부의 눈에서 벗어나 숨을 죽이면서도 자신들의 존재의의를 생각하며 지구로의 귀환을 꿈꾸고 있었다. 뮤의 리더인 솔저 블루는 아타락시아에 사는 소년 죠미를 자신의 후계자로 고르고 그 꿈을 계승시킨다. "고향인 지구로 돌아간다..." 그런 강렬한 소망을 품은 그들의 지구를 향하는 싸움이 시작된다. 모체의 출산이라는 현상을 거부하고 인공적이며 계획적으로 인간을 탄생시키는 SD(Superior Dominance) 체제. 핏줄로 이어지지 않은 가정 내에서 양육된 아이들은 14살이 되면 성인식을 치르고, 그 이후에는 어린 시절에 대한 기억이 희미해져 그 공백을 그랜드 마더로 통칭되는 체제에 대한 충성심으로 메우게 된다. 교육과정을 통해 아이를 기르거나, 정부요원 내지 군인이 되거나, 전문적인 기술자가 되는 길로 갈리며, 각각의 부류는 서로 다른 행성에서 생활하여 전체적인 교류가 적다.
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먼 미래의 지구. 기계 백작에게 엄마를 잃은 데츠로는 복수를 하기 위해 신비로운 여인 메텔의 도움으로 은하철도 999호에 오른다. 999호의 종점 안드로메다 행성은 기계 몸을 거저 준다는 기계화 모성. 데츠로는 각각의 우주정거장을 거치면서 안타레스 산적과 하록 선장, 그리고 여해적 에메랄다스, 우주전사 도치로, 그리고 999호의 승차원 크리스털 클레아와 우정을 나눈다. 그러는 사이 데츠로는 유한하지만 따듯한 피가 흐르는 인간으로 남을 것인가 영원한 생명을 갖기 위해 기계인간이 될 것인가 사이에서 고민한다. 한편 종착역 안드로메다 행성에 도착한 데츠로는 아무 조건 없이 자신을 은하철도 999호에 승차하게 도와준 메텔의 정체를 알게되고 경악하는데...
