Takashi Mogi

때는 서기 2029년, 아시아의 뉴포트라는 도시. 인간의 뇌도 통신 네트워크의 일부가 된 사회에서 가장 극악한 범죄는 고스트 해킹이다. 인간의 정체성을 규명하는 광의의 영혼을 뜻하는 고스트를 해킹해 타인의 기억 등을 조작하고 변경시키는 것. 인형사라 불리는 정체불명의 악명 높은 고스트 해커가 유럽에서 뉴포트로 주활동 무대를 옮겼다는 소식이 들린다. 이를 막기 위해 외교상 일어나는 국제범죄, 테러 등에 대해 정보수집과 감사를 행하는 정보기관 공안 6과와 쿠사나기 모토코 소령을 중심으로 한 공안 9과는 조사에 나선다

첫 우주 식민지 행성 에덴에서 통합군의 차세대 전투기종을 선정하기 위한 테스트가 진행되고, YF-19와 YF-21의 테스트 파일럿으로 재회한 이사무와 가루도는 여자친구 뮨을 두고 갈등했던 과거로 다시 상처받고, 이것은 차세대 기종 테스트에 까지 이어진다. 한편 뮨이 프로듀싱하는 버추얼 아이돌 샤론 애플은 인간정신을 다시 지배하고자 마크로스 시티에서 콘서트를 연다. 후반부에 이사무와 가르도의 갈등은 해결되지만 가르도는 두 사람의 공중전에서 죽게 되고, 이사무는 샤론의 음모 속에 위기를 맞는 뮨을 구하기 위해 샤론을 저지하러 간다