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우주 한복판에 '청춘의 샘'이라 불리는 행성이 있다. 그곳은 자연과 테크놀로지가 공존하고 있으며, 소수의 원주민 바쿠족이 평화롭게 모여 사는 아름다운 곳이다. 그러나 이 곳에 고요한 평화를 깨는 불청객이 나타나다. 악당 루이포가 이끄는 연방정부는 이 행성의 청춘 에너지를 이용하기 위해 원주민들을 강제로 이주시키려하고, 소나라고 불리는 집단과 모종의 거래를 해왔던 것이다. 한편 데이타 요원은 측량업무 도중에 이 행성을 발견하게 되고, 모든 사실을 승무원들에게 알리지만 엔터프라이즈호는 연방정부가 저지른 이 일련의 사건들을 그냥 묵과하기로 한다. 그러나 선량한 행성 원주민들이 괴로워하는 것을 본 캡틴 피카드는 양심의 가책을 받고 갈등에 빠지고, 해결책을 모색한다. 고민 끝에 피카소가 내린 결론은 '그냥 이대로 보고만 있을 수는 없다'는 것. 결국 현명하고 침착한 리더 피카드는 상부의 명령을 어기고 소나와 연방정부에 반대하기로 한다. 그리고 이들에 맞선 엔터프라이즈호의 대반격이 시작되는데.
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미국 동부에 운석이 떨어진다. 이는 뉴욕 크기의 소행성이 지구를 향해 돌진하고 있는 증거임을 미국 우주 항공국이 밝힌다. 텍사스 크기의 소행성이 시속 2만 3천 마일의 속도로 지구로 돌진한다는 사실을 알게 되자 나사(미국 항공 우주국)는 대책을 세운다. 남은 시간은 18일. 지구를 구할 유일한 방법은 돌진하는 소행성에 구멍을 뚫어 핵폭탄을 장착, 궤도를 바꾸는 것이다. 지구 최고의 유정 굴착 기술자들이 파견된다. 해리(브루스 윌리스)는 굴착 기술의 전문가로 지구를 구하기 위해 짧은 시간 동안 우주 비행에 대한 교육을 받고 그의 동료들과 소행성으로 떠난다. 프리덤호와 인디펜던스호는 소행성에 접근하지만 인디펜던스호는 유성의 파편을 맞고 추락한다. 해리 일행은 어쩔 수 없이 도착한 인원으로 폭탄 장치를 하기 위해 최선을 다하지만 무선 폭파 장치가 고장나 누군가 그곳에 남아야 하는데... 임무를 무사히 마친 후 지구로 돌아가서 해리의 딸인 그레이스(리브 타일러)와 결혼하기로 한 A.J(벤 애플렉)는 해리와 지구를 구하기 위해 자신이 소행성에 남기로 하나 결정적인 순간 해리는 딸을 위해서 자신이 소행성에 남는데...