Chip Hart

인류는 외계인의 침공에 맞서 승리했지만 핵을 사용한 대가로 지구는 죽음의 별이 되었다. 2077년 폐허가 된 지구상에 살아 있는 사람은 마지막 정찰병 잭 하퍼(톰 크루즈)와 그의 파트너 빅토리아(안드레아 라이즈보로)가 전부다. 두 사람의 임무는 지구에 남아 있는 외계인 잔당들로부터 발전탑을 지키고 있는 드론을 수리하고 관리하는 것. 2주 뒤면 임무를 마치고 귀환하기로 되어 있는 잭 하퍼의 앞에 어느 날 정체불명의 우주선이 추락한다. 잭은 그곳에서 자신도 기억하지 못하는 자신의 과거를 알고 있는 여인 줄리아(올가 쿠릴렌코)를 만나고, 이후 모든 것에 의문을 품기 시작한다.

리무스 행성의 우두머리 신존 (톰 하디 분)이 로물루스 행성측에 동맹을 맺을 것을 제의하지만 로물루스 평의회에선 표결을 거쳐 이 제안을 거절한다. 그러자 신존은 무력으로 평의회를 장악하고 로물루스의 집정관 자리에 앉은 뒤 은하 연방측에 평화조약을 맺자고 제의해온다. 은하 연방 사령부에선 엔터프라이즈 호 사령관 피카드 (패트릭 스튜어트 분)에게 신존과 접촉해 볼 것을 지시한다. 신존은 로물루스 행성의 속국 신세였던 리무스 행성을 해방시킨다는 명분을 내세우며 자신이 평화주의자임을 강조하지만, 그의 함선 씨미타 호에 탤러론이라는 가공할 무기가 숨겨져 있음을 알게 된 엔터프라이즈 호 함장과 대원들은 모두 긴장한다. 신존에게서 받은 그의 혈액 샘플을 분석해본 피카드는 다시 한번 놀라는데 신존의 DNA와 자신의 DNA가 똑같았던 것이었다. 신존은 로물루스인들이 만든 피카드의 복제 인간으로 피카드 대신 은하 연방에 첩자로 심어두려는 계략이었던 것이었다. 피카드의 연령에 빨리 도달하게 하기 위해 신존의 몸엔 노화 촉진 인자가 들어있었고, 그 때문에 그는 급격히 생명력을 잃어가고 있었다.로물루스인들의 정치적 이용물로 만들어져 리무스의 탄광에서 학대 받으며 성장한 신존에겐 오로지 싸우고 정복하는 것만이 삶의 목적이자 의미였다. 자신에게 인간의 피가 흐르면서도 인간에 대한 알 수 없는 증오심을 가진 그는 지구인을 몰살시키려는 무서운 야욕으로 불타고 있었다. 신존은 감춰뒀던 자신의 속셈이 드러나자 엔터프라이즈 호에 전면전을 선포하고 엔터프라이즈호는 신존의 쿠데타에서 살아남은 로물루스의 사령관 도나트라와 합동 작전으로 신존에게 결사 항전하는데.

텍사스에서 사건이 발생한다. 남자 하나와 여자 하나가 온 몸이 찢겨진 채 사채체로 발견된 것이다.수사에 합류한 질병 통제 센터는 찢겨진 자국이 사람의 소해으로 보기 어렵다고 판단, 해부를 하던 중 박쥐의 것으로 보이는 발톱을 발견한다. 긴급히 박쥐 전문가 쉴라 박사를 찾는다. 쉴라 박사는 박쥐의 생태와 습성상 전혀 있을 수 없는 일이라 반박한다. 그때서야 맥케이브 박사는 자신이 만들어낸 변종 박쥐임을 실토한다. 집단의 공격성과 포악함을 갖게 된 두 마리 숙주가 탈출해 수 백 만 마리의 박쥐 떼에 이를 감염시키게 되었다고 추측한다. 변이가 계속 되면서 박쥐들은 인간을 공격할 만큼 포악하게 변해만 가는데.