콩과 보호자들은 정착할 수 있는 곳을 찾아 특별하고 강력한 유대감을 형성하고 있는 지아와 함께 여정을 떠나게 된다. 그러던 중 지구 파괴를 위한 회심의 날을 휘두르는 고질라와 마주하게 되고, 보이지 않는 힘에 의해 맞붙게 된 두 전설의 대결은 지구 깊은 곳에 도사린 수수께끼의 시작에 불과할 뿐이었는데…
전 세계를 초토화시켰던 전쟁 이후, 지구 종말의 위기가 다시 찾아온다. 더 강렬하게 진화한 적들의 공격이 인류의 재앙을 불러오고 최정예 파일럿과 업그레이드 된 거대 로봇 예거 군단은 사상 최대의 반격을 시작한다. 하지만 아무도 예상치 못했던 또 다른 적의 등장으로 인류는 전대미문의 위기에 봉착하게 되는데...
