전 세계를 초토화시켰던 전쟁 이후, 지구 종말의 위기가 다시 찾아온다. 더 강렬하게 진화한 적들의 공격이 인류의 재앙을 불러오고 최정예 파일럿과 업그레이드 된 거대 로봇 예거 군단은 사상 최대의 반격을 시작한다. 하지만 아무도 예상치 못했던 또 다른 적의 등장으로 인류는 전대미문의 위기에 봉착하게 되는데...
120년 후의 개척 행성으로 떠나는 초호화 우주선 아발론 호. 여기엔 새로운 삶을 꿈꾸는 5,258명의 승객이 타고 있다. 그러나 알 수 없는 이유로 인해 짐 프레스턴(크리스 프랫)과 오로라 레인(제니퍼 로렌스)은 90년이나 일찍 동면 상태에서 깨어나게 된다. 서서히 서로를 의지하게 되는 두 사람은 우주선에 치명적인 결함이 있다는 사실을 발견하게 되고, 마침내 그들이 남들보다 먼저 깨어난 이유를 깨닫게 되는데…
