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의료구조선인 나이팅게일 229호의 선원들은 이상한 조난 신호를 포착하고 그것을 따라 차원이동을 하게 된다. 그곳에는 신비스런 한 청년 트로이가 있었는데, 에버스 박사는 과거 끔찍한 기억이 있는 옛 애인을 닮은 이 청년을 이상스럽게 생각한다. 그가 나타난 뒤로 우주선은 괴기한 기운으로 감돌기 시작하고, 더욱이 이 이상한 청년은 채굴작업을 하던 자신의 아버지와 몇몇 사람들이 신비스런 한 물체를 발견했고, 그것을 차지하기 위해 서로 싸우다가 죽은 이야기를 한다. 트로이는 그 문제의 물체를 보여주며 서로 나누어 갖자고 은밀한 제안을 한다. 그 물체에 손을 대면 예전보다 젊고 기운이 넘치게 되고 성격조차 변하게 되는 것을 알게 된 대원들은 불안감에 휩싸이게 되고 사태의 심각성을 파악하게 된 부함장 닉 벤잔트는 대원들에게 섣부른 행동을 하지 말것을 명령한다. 상황이 자신의 뜻대로 되지 않자 트로이는 부함장을 죽이려고 하고, 그는 에버스 박사가 의심했던 대로 에버스 박사의 전 애인이었음이 드러나는데...
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페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.
전쟁에 휩싸인 세상을 등지고 히말라야 깊은 산속에 자리 잡은 유토피아 '샹그라아'에 대한 이야기