Craig Wentworth

어린 뮤턴트들을 수용하는 멀버리 병원에 가장 마지막으로 입원한 대니는 자신이 돌연변이라는 사실을 알지만, 정확히 어떤 초능력을 가졌는지는 모른다. 먼저 입원한 레인은 늑대인간으로 변하고 샘은 엄청나게 빠른 속도로 어디든 뚫고 지나간다. 일리야나는 오른팔을 검푸른 검으로 만들어 휘두를 수 있을 뿐 아니라, 위험할 땐 자신이 만들어낸 공간 림보로 재빨리 달아나는 능력까지 지녔다. 자신이 어떤 능력을 타고났는지도 모르는 대니와 달리 이들은 자신의 능력을 정확히 알고 있고 제어하는 힘까지 잘 안다. 대니는 닥터 레예스와 함께 상담을 이어가면서 능력을 통제하는 힘을 키워나가려고 한다.

정략결혼을 피해 해저 왕국 아틀란티스에서 도망쳐 육지로 오게 된 아틀라나는 등대지기 톰과 사랑에 빠진다. 아틀란티스의 세력으로부터 남편과 아들 아서를 지키기 위해서 아틀라나는 바다로 돌아가고, 육지에 남은 아서는 어릴 때부터 자신의 초능력을 인지해 인간세계의 해적을 물리치는 등 나름의 활약을 펼친다. 한편 아서의 이부형제 옴은 육지를 정복하기 위한 작전을 세운다. 옴의 약혼자이자 네레우스 왕의 딸 메라는 아서에게 평화를 위해 해저 7개 왕국의 왕이 되어야만 한다고 설득하는데...

가까운 미래, 미믹이라 불리는 외계 종족의 침략으로 인류는 멸망 위기를 맞는다. 전투를 치른 경험이 한번도 없는 군 공보관 소속 빌 케이지(톰 크루즈) 소령은 전쟁터에 가서 군 홍보 영상을 찍어오라는 4성 장군의 명령을 거절한다. 그 죄로 자살 특공대에 투입된다. 하지만 불가능한 일이 일어난다. 그가 다시 그 끔찍한 날이 시작된 시간에 다시 깨어나 다시 전투에 참여하게 되고 다시 죽었다가 또 다시 살아나는 것. 다시 작전에 참여해 죽었다가 눈을 뜨기를 반복하면서 그는 자신이 외계인과의 접촉으로 같은 시간대를 반복해서 겪게 되는타임루프에 빠졌다는 사실을 알게 된다.

스티브 로저스는 외계의 뉴욕 침공 사건이 있은 뒤 워싱턴에서 쉴드 요원으로 살아가고 있다. 납치된 쉴드의 함선을 구출하는 작전을 펼치던 중 스티브는 닉 퓨리 국장과 블랙 위도우가 쉴드의 정보를 무단으로 수집하고 있다는 것을 알게 된다. 그리고 얼마 뒤 닉 퓨리는 윈터 솔져의 공격으로 눈을 감는다. 블랙 위도우와 함께 닉 퓨리가 남긴 USB를 분석하며 진실을 추적하던 스티브는 적이 쉴드 내부에 존재한다는 사실을 알게 된다. 설상가상 윈터 솔져가 캡틴 아메리카의 단짝 친구 버키라는 사실이 드러나는데...

알 수 없는 사건으로 현실이 뒤바뀌고 외계인의 공격으로 위험에 빠진 지구. 게다가 MIB 소속 베테랑 요원 ‘케이(토미 리 존스)’는 하룻밤 사이에 감쪽같이 사라진다. 모든 것을 원래대로 되돌릴 수 있는 사건의 열쇠를 쥐고 있는 유일한 사람은 ‘케이’뿐인데… 사라진 파트너를 찾고 그동안 감춰졌던 우주의 비밀을 캐내기 위해 ‘제이(윌 스미스)’요원은 과거로 위험한 시간여행을 떠나게 되고, 그 곳에서 심하게 젊은(?) ‘케이(조쉬 브롤린)’와 마주하게 된다. 이제 이 둘은 24시간 안에 우주의 비밀을 풀고 현재로 돌아와야만 하는 MIB 사상 최고의 미션에 도전하게 되는데!