Julia Morgan

뉴욕의 잘 나가는 미디어 에이전트 스투 세퍼드(콜린 파렐). 어느날 공중전화 박스에서 통화를 마치고 돌아서는 그의 뒤에서 벨 울리는 소리가 들린다. 무심코 수화기를 든 순간 전화선 저편에서 "전화를 끊으면 네 목숨도 끊긴다"는 저음의 목소리가 들려온다. 스투는 정신병자의 장난 전화려니 생각하고 전화를 끊으려고 하지만 전화선 저편의 남자와 얘기할수록 자신이 뭔가 심상치 않은 함정에 빠졌음을 직감적으로 깨닫게 된다. 이윽고 전화박스에서 나오라며 자신에게 시비를 걸던 남자가 저격수의 총에 죽고, 이를 본 스투는 극한의 공포에 사로잡히게 된다.

뉴욕 경찰 에드워드는 용의자를 추적 중 그가 건물을 기어오르고 허공을 떠오르는 등의 장면을 목격한다. 용의자는 지구가 멸망할 것이라 주장하며 투신 자살을 하고 에드워드는 검은 양복을 입은 MIB요원 캐이를 만난다. 캐이는 에드워드의 탁월한 능력을 알아차리고 그를 비밀 요원으로 발탁한다. MIB는 지구인의 모습으로 살고 있는 외계인들을 감시하고 외계인의 정체를 보호하며 혹시라도 일반인이 그들이 외계인임을 알아차리면 기억 말소 장치를 이용해 외계인들을 보호한다. 그러나 사악한 바퀴벌레 외계인 에드가가 지구에 침투해 오면서 이민외계인들은 불안해 하는 등 동요하기 시작한다. 이 때 지구를 방문한 외교 사절이 암살당하는 사건이 발생해 은하계가 전면전에 돌입하자 지구는 멸망의 위기에 처한다. 지구를 지키고 우주의 평화를 지키기 위해 에드워드와 케이는 에드가와의 결전을 준비하는데...