Steve Craft

지구에 잠입한 외계인을 감시하는 MIB요원 제이. 요원 케이가 MIB를 떠난 후, 많은 파트너들과 호흡을 맞추지만 베테랑 케이의 빈자리가 크기만 하다. 또 다른 수다쟁이 요원 프랭크는 파트너라기보다 오히려 제이를 거추장스럽게 하며 말썽만 피울 뿐인데… 그러던 중 25년전, MIB에게 당한 복수를 위해 마이크로 우주선이 지구에 침입한다. 콜라캔 크기의 우주선에서 내린 외계 생명체는 여성지 모델로 자신을 복제하고 MIB에 침입한다. 그녀의 이름은 셀리나… MIB요원 중 일부가 셀리나와 손을 잡게 된 사실을 알게 되는 제이. 그러나 때는 이미 늦어 지구는 은하계의 전쟁에 휘말린 위험에 처하게 된다. 위기에 놓인 지구, 요원 제이는 요원 케이의 도움을 필요로 하게 되고 제이는 케이의 기억을 복구시키려 갖은 애를 쓰는데…

말기 암환자인 거물 프로듀서 얼은 간병인 필(필립 세무어 호프만)에게 오래 전 헤어진 아들(탐 크루즈)을 만나게 해달라고 부탁한다. 그의 아들은 유혹하여 파멸시켜라라는 슬로건을 가지고 남성 우위 프로그램을 진행하는 기이한 인물. 얼의 돈을 보고 결혼한 젊은 린다(줄리언 무어)는 남편의 병세가 악화되면서, 그를 사랑한다는 사실을 깨닫고 방탕스럽고 부정했던 과거의 죄의식으로 혼란에 빠진다. 원로 방송인 지미(필립 베이커 홀) 역시 암 판정을 받았는데, 그에겐 자신에게 성폭행당한 이후 마약과 매춘에 빠진 딸 클라우디아(멜로라 월터스)가 있다. 지미는 용서를 구하고 화해를 청해보지만 거절당한다. 클라우디아의 집에 한바탕 소란이 일자 이웃의 신고를 받고 출동한 경찰 짐(존 C. 라일리)은 클라우디아의 부서질 듯 여린 모습에 사랑을 느낀다.

뉴욕 경찰 에드워드는 용의자를 추적 중 그가 건물을 기어오르고 허공을 떠오르는 등의 장면을 목격한다. 용의자는 지구가 멸망할 것이라 주장하며 투신 자살을 하고 에드워드는 검은 양복을 입은 MIB요원 캐이를 만난다. 캐이는 에드워드의 탁월한 능력을 알아차리고 그를 비밀 요원으로 발탁한다. MIB는 지구인의 모습으로 살고 있는 외계인들을 감시하고 외계인의 정체를 보호하며 혹시라도 일반인이 그들이 외계인임을 알아차리면 기억 말소 장치를 이용해 외계인들을 보호한다. 그러나 사악한 바퀴벌레 외계인 에드가가 지구에 침투해 오면서 이민외계인들은 불안해 하는 등 동요하기 시작한다. 이 때 지구를 방문한 외교 사절이 암살당하는 사건이 발생해 은하계가 전면전에 돌입하자 지구는 멸망의 위기에 처한다. 지구를 지키고 우주의 평화를 지키기 위해 에드워드와 케이는 에드가와의 결전을 준비하는데...

조그만 동네에서 자란 에이스는 도박에서 언제나 이기는 재주를 타고 났다. 그 때문에 그는 마피아 보스들에게 알려지고, 보스들은 그를 보호하기 위해 니키를 붙여준다. 니키는 비록 몸집은 작지만 상대가 얼마나 크든지간에 먼저 제압해 버리는 능력을 갖고 있는 갱. 오랫동안 니키와 에이스는 완벽한 팀을 이루게 된다. 그러나 라스베가스로 진출한 에이스는 니키가 라스베가스로 온다는 소식을 접하고 니키의 포악한 성질이 걱정돼 꺼려한다. 에이스의 심정을 눈치채고 있던 니키는 라스베가스에서 자신의 독특한 방법인 폭력으로 나름대로의 영역을 넓혀나가고, 에이스는 합법적인 카지노를 운영하면서 자신의 입지를 굳혀 가는데...