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2054년 워싱턴, 범죄를 예측하는 치안 시스템 프리크라임은 시민들의 안전을 지켜주는 든든한 존재. 프리크라임은 범죄가 일어날 시간과 장소, 범행을 저지를 사람까지 예측해내고, 이를 바탕으로 특수경찰이 미래의 범죄자들을 체포한다. 프리크라임 팀장인 존 앤더튼(톰 크루즈)은 천부적인 감각으로 미래의 범죄자를 추적해내는 능력을 인정받고 있다. 하지만 프리크라임 시스템은 믿을 수 없는 살인을 예견한다. 그것은 바로 앤더튼 자신이 누군가를 살해하는 범행 장면. 프리크라임의 모든 시스템이 앤더튼을 추격하는 가운데 앤더튼은 음모를 파헤치고 미래를 바꾸기 위해 직접 미래의 피살자를 찾아나선다.
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페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.
