작은 시골마을에서 아빠와 둘이 사는 평범한 여고생 코코네. 요즘 들어 자신을 닮은 소녀가 나오는, 똑같은 꿈을 계속 꾼다. 희한한 꿈과 대학 진학, 가족 등 고등학교 마지막 여름방학을 앞두고 생각이 많지만 그런 마음을 아는지 모르는지 무뚝뚝한 아빠는 자동차 개조에만 열중한다. 그러던 어느 날 아빠가 경찰에 체포되어 도쿄로 연행된다. 코코네는 아빠를 찾기 위해 소꿉친구 모리오를 이끌고 무작정 도쿄로 향하고 반복되는 꿈속에 사건을 해결할 열쇠가 있다는 사실을 깨닫게 된다. 결국 꿈속에서 ‘나’와 가족의 비밀을 보게 되는데… 그 여정의 끝에 있는 작은 진실은…?
미래 어느 날 밤, 동경 시내를 운행하던 지하철에 괴물체가 나타난다. 사람을 죽이고 물어 뜯어버리는 마치 뱀파이어 같은 괴물은 지하철을 삽시간에 아비규환으로 만든다. 괴물이 어느 한 소녀를 덮치려는 순간, 칼을 든 세라복 소녀가 나타나 괴물을 제압해 버린다. ‘옛 것’이라고 불리는 이 괴물을 죽일 수 있는 유일한 사람이 바로 세라복 소녀 ‘사야’이다. 지하철에서 구한 ‘마나’라는 소녀를 따라 간 곳은 비밀 저항 단체 ‘써로트’였다. ‘옛 것’을 만들어내고, 밤 9시 이후에는 미성년자가 거리를 돌아 다닐 수 없도록 청소년 보호 조례를 만든 ‘토우’라는 집단을 무너뜨리는 것이 이들의 목적이다. 사야는 ‘써로트’와 손을 잡고 ‘토우’의 우두머리인 후미토를 찾아 나선다. 써로트의 천재 해커들 도움으로 ‘후미토’의 위치를 알아낸 ‘사야’는 그를 죽이기 위한 마지막 싸움을 벌이는데…
