“오사카 아저씨 4인방 악당 ‘닌자 오야지스’로부터 도쿄타워를 사수해라!” 특명을 받고 ‘닌자 오야지스’를 찾기 위해 나선 4명의 ‘JK닌자걸즈’ 여고생과 히든 히어로, 은밀한 이중 생활을 감행하며 악당들을 찾아 나서지만, 점점 더 난항에 빠지게 되고… 우리의 ‘JK닌자걸즈’는 과연 도쿄타워를 지킬 수 있을까!
임신 중인 마츠야마(키무라 후미노) 선생을 대신하여 고향의 중학교에 임시교사로 부임한 카시와기(아라가키 유이). 음대출신의 피아니스트인 그녀는 까칠한 성격과 한 미모하는 외모로 남학생들에게 열화와 같은 인기를 얻는다. 그 덕에 만년 여성부였던 합창부에 최초로 남학생들까지 가입하게 된다. 하지만 그녀의 부임조건은 '피아노를 치지 않는 것'. 파아니스트가 피아노를 치지 않는 것을 이상하게 여긴 아이들은 카시와기 선생이 자신들을 무시하는 것이라 오해하기 시작한다. 그러던 중 나츠나(츠네마츠 유리)는 카시와기 선생이 피아노를 안치는 것이 아니라 칠 수 없는 것이라는 이야기를 듣게 되는데...
