Flint is again called out of retirement when his old boss finds that he seems to have missed 3 Minutes while golfing with the President. Flint finds that the President has been replaced by an actor (Flint's line [with a wistful look] is "An Actor as President?") Flint finds that a group of women have banded together to take over the world through subliminal brainwashing in beauty salons they own.
미국 망명을 요청한 동구권 축소과학의 귀재 베니쉬 박사가 테러범의 공격을 받고 뇌사상태에 빠진다. 미국 정부는 특수부대를 동원하여 잠수함을 미생물 크기로 축소시켜 베니쉬의 혈관에 투입, 뇌의 응혈을 제거하는 프로젝트를 긴급히 마련한다. 그러나 미국의 현재의 기술로는 축소는 한시간에 국한될 뿐, 시간을 연장시킬 수 있는 열쇠는 베니쉬 박사가 갖고 있었던 것. 특수요원 그랜트, 함장 오웬스, 뇌수술의 1인자 듀발 박사, 그의 아름다운 조수 콜라 등은 죽음을 무릅쓰고 인체내로 투입되어 임무를 수행하지만 예상치 않은 죽음의 복병들이 그들을 가로막고 시간을 지체하게 만드는데...
When scientists use eco-terrorism to impose their will on the world by affecting extremes in the weather, Intelligence Chief Cramden calls in top agent Derek Flint.
제2차 세계 대전이 끝나가는 1944년 이탈리아 북부에 있는 한 연합군 포로 수용소에 폭격 임무중 격추되어 포로가 된 미공군의 조셉 라이언 대령이 오게 된다. 이 포로 수용소에는 영국군과 미군이 함께 수용되어 있는데 패전을 예상한 이탈리아군이 관리 책임을 맡고 있지만, 독일군의 강압적인 태도에 불만을 품고 연합군 포로들에게 우호적이다. 상급자인 라이언 대령은 자연스럽게 연합군 포로들의 지휘관이 되는데 마침 이탈리아에는 정변이 일어나 무솔리니가 실각하고 이탈리아 정부는 연합군과 협상을 하려한다. 포로 수용소의 연합군 포로들도 이 소식을 듣고 기뻐하지만 독일군은 이탈리아 북부를 재빨리 점령하고 포로수용소도 접수한다. 그리고 연합군 포로들을 독일 본토로 이동시키는 계획을 수립하고 포로들을 열차 편으로 수송하기 시작하는데, 이를 알게 된 연합군 포로들은 라이언 대령의 지휘로 수송열차를 탈취해서 중립국인 스위스로 탈출하려고 한다. 알프스 산중에서 수송열차를 탈취한 포로들은 곧 독일군의 대대적인 공격을 받게 되고 격전 끝에 가까스로 국경을 넘는데 성공하지만 지휘관인 라이언 대령은 독일군에게 사살된다.
