자신의 모습을 감추고 오랜 시간 지구를 위협해 온 외계인을 감시하는 MIB 본부. MIB 본부에도 변화가 요구되면서 신입요원 에이전트 M이 영입되고 MIB 에이스 요원 에이전트 H가 듀오로 결성 된다. 그들에겐 MIB 내부의 스파이를 찾아야 하는 전대미문의 미션이 주어지는데…
신의 규율에 의해 통제되는 거대한 미래도시. 전사가 된 신부 프리스트(폴 베타니)는 인류를 위협하는 존재들과 수 세기에 걸친 전쟁을 승리로 이끌고 돌아온다. 하지만 그의 능력을 두려워한 신의 조직에게 버림받아 비참한 삶을 살아 간다. 어느 날 다시 부활한 뱀파이어의 습격으로 가족을 잃게 된 프리스트는 신과의 서약을 깨고 자신의 모든 걸 걸고 복수에 나서게 되는데…