Linden Johnson

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

극지방의 해빙으로 인해 도시들이 물에 잠기고 지구상의 모든 천연자원이 고갈되어 가는 먼 미래. 인류의 과학문명은 천문학적인 속도로 발전하여 인공지능을 지닌 로봇을 개발하기에 이른다. 어느 날 하비 박사는 로봇공학 발전의 마지막 관문이자, 논란의 쟁점이 되고 있는 감정이 있는 로봇을 만들겠다고 공언한다. 그는 로봇회사인 사이버트로닉스사에서 감정을 지닌 최초의 인공지능 로봇 데이비드를 탄생시킨다. 데이비드는 사이버트로닉스사의 직원인 헨리 스윈튼과 모니카의 집에 실험 케이스로 입양되는데...

러시아에서 발생한 내전을 틈타 구소련 강경파 군부지도자 라첸코(다니엘 본 바르겐)는 핵미사일 기지를 포함하여 군통수권 일부를 장악한 뒤 미국 본토를 위협하는 3차대전 시나리오를 구상 중이다. 미국방성은 라첸코가 핵미사일 암호를 수중에 넣기전에 그의 전쟁 의지를 제압해야 하는 위기에 빠진다. 마침내 램지 함장(진 핵크만)의 지휘하에 핵잠수함 알라바마호의 출정이 시작되고 러시아의 핵미사일 기지 근해로 접근하던 중 러시아 잠수함의 어뢰 공격을 받게 된다. 적의 어뢰공격을 가까스로 피한 후 본국으로부터 핵미사일의 발사에 대한 단계적인 명령이 하달되기 시작하는데...