Jerry Solomon

달라스의 한 빌딩에서 이상한 폭발 사고가 발생한다. FBI의 특수 요원 멀더(데이빗 듀코브니 분)와 스컬리(질리안 앤더슨 분)는 폭발 사고를 조사하던 중 이해 할 수 없는 여러 의문점과 함께 알 수 없는 어떤 거대한 세력이 폭발 사고에 연류되어 있다는 사실을 감지하게 된다. 한편 텍사스 평원에서 한 아이가 땅속 구덩이 속으로 떨어지는 사고가 발생하는데 사고 후 아이의 생사와 존재에 대해서는 일체 알려지지 않았고, 사고 지점은 외부 세력으로부터 일반인에게서 격리된 채 무언가 알 수 없는 연구가 진행된다. 그러나 두 사람의 육감적인 느낌은 사건의 실마리를 얻게 되고 집요한 추적 끝에 은밀한 곳에서 외계인의 실체와 그들에게 감염된 사람들을 치료하기 위해 백신을 연구하는 시설을 발견하게 된다. 보이지 않는 세력에게 쫓기면서도 서로에게 의지하며 사건을 파헤치던 멀더와 스컬리는 점점 파트너 이상의 감정을 느끼게 되는데, 이때 거대한 벌떼의 습격으로 정신을 잃게된 스컬리는 정체 모를 집단에게 납치당한다. 이제부터 멀더는 스컬리의 생명을 구하고 정부의 감추어진 음모를 밝혀내야 하는 상황 속에서 멀더는 더 큰 음모와 위험한 모험 속으로 빠져들고 있음을 느낀다.

젊고 유능한 일급 조종사 헤일 대위(크리스찬 슬레이터)와 그의 동료이자 절친한 선배인 디킨스 소령(존 트라볼타)은 핵 미사일이 탑재된 스텔스기를 조종하는 유능한 파일럿이다. 헤일과 디킨스는 여느때와 마찬가지로 훈련 비행의 이륙을 시작한다. 레이더에 걸리지도 않는 B-3 스텔스기가 100피트 저상공에 시속 800마일의 속도로 아리조나의 사막을 비행할 때, 갑자기 디킨스가 헤일에게 총을 겨눈다. 이어 저항하는 헤일을 스텔스기 밖으로 밀어낸 디킨스는 본부에 헤일이 미사일을 강탈했다고 보고 한다. 디킨스는 예정된 장소에 미사일 2기를 낙하산으로 떨어뜨린 후, 남미의 테러분자들과 결탁하여 미국의 주요 도시를 볼모로 거액의 돈과 그들의 요구 사항을 들어달라며 정부를 협박한다. 샘 로데스 중령(본디 커티스-홀)은 수색대를 파견하여 핵탄두를 찾으려 하지만 실패하는데...

폭발사고로 중상을 입은 조브는 코리 박사의 치료를 받고 다리를 잃은 채 가상현실 속에서 위안을 찾는다. 한편, 가상현실의 최고 권위자인 트레이스 박사는 가상현실의 핵이자 가공할 위력을 지닌 카이론 칩을 만들던 도중 투자단에게 특허를 빼앗기고 초야에 묻힌다. 이 카이론 칩의 특허를 손에 넣은 사람은 조나단 워커로, 그는 코리 박사와 조브를 수하에 두고 버추얼 라이트라는 연구소를 운영하며 전 세계 모든 시스템의 통합과 장악을 꿈꾼다. 조브는 개발이 중단된 카이론 칩의 핵심인 이집트 링크의 정체를 파악하기 위해 자신이 잔디 깎이로 있던 집의 어린 아들인 피터를 찾게 되고, 피터가 은신 중인 트레이스 박사를 찾아 나서는데…