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오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...
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아리테는 미래의 남편을 기다리기 위해 높은 탑에 갇혀서 신부수업만 해야하는 공주이다. 매일매일 우아하고 고상한 공주로서의 교양을 쌓는 공부를 하지만, 정작 그 내용은 인간이기보다는 인형에 가까운 모습으로 행동하는 방법들이다. 자신의 이러한 생활에 갑갑해하던 아리테는 탑 아래로 내려다 보이는 일반 백성들의 삶을 동경하여 밤이 되면 몰래 성을 빠져나가곤 한다. 한편, 천년도 훨씬 전에 멸망한 마법사들의 유물이 아직도 존재하는 이 세계에는 모험가들을 유혹하는 많은 보물들이 있었다. 왕은 아리테 공주의 신랑 후보자들에게 이런 보물을 가져와야 결혼할 수 있다고 말하고 많은 젊은이들은 왕위에 오르겠다는 욕심에 보물을 들고 찾아온다. 왕은 그러한 젊은이들을 매우 흡족해 하지만 정작 아리테 자신은 이들에 대해 별로 관심이 없다. 어느 날 꼬마의 모습을 한 마녀가 공주의 방에 몰래 찾아와서는 마녀의 필수품인 수정구슬을 잃어버렸다며 이 성이라면 수정 구슬이 있을 것이라는 기대감에 이곳으로 왔다고 말한다. 아리테는 마녀와의 대화를 통해 더 이상 이대로 살 수는 없음을 깨닫고 성을 탈출하기에 이르는데...
