안개함대의 총기함인 초전함 야마토와 자매함선이자 부총기함인 초전함 무사시. 어느 날, 무사시가 야마토를 격침시킨 후 홀로 어드미럴티 코드의 대변자임을 표명하고 I-401의 함장 군조의 아버지인 치하야 쇼죠를 앞세워 인류에게 무조건 항복을 권고한다. 군조는 아버지가 인류를 배신한 것에 동요하지만 이오나의 격려에 총기함 무사시와의 접촉을 시도하기로 이동하는데 안개학생회의 강력한 공격을 받는다. I-401는 간신히 적들을 무찌르지만 교전 중 입은 손상으로 이오나는 자가 회복 불능한 손상을 입게 되는데..
2038년, 지구온난화에 따른 급격한 해수면 상승으로 몇몇 나라가 침수되기 시작하고 그리고 이를 기다렸다는 듯이 오버테크놀로지를 가진 구형함선 모습을 한 '안개함대' 라고 불리는 정체불명의 함대가 등장한다. 이 안개함대는 막강한 화력으로 전세계 해양 교통망과 공중 교통망을 장악하여 바다를 통하는 인간의 모든 교역로들을 끊어버리고 세계 경제는 붕괴위기에 직면한다. 이에 인간들도 총 전력을 투입하여 반격에 나서지만 압도적인 힘 앞에 패배 당한다. 안개함대와의 최종결전 이후 7년, 정치 경제는 붕괴되고, 통신위성 및 해저상 통신 케이블 파괴, 그리고 안개함대의 방해전파로 통신도 봉쇄되고 각국은 고립되고 만다. 제독의 아들이자 해군 생도인 주인공 '치하야 군조'는 격납고 시찰 멤버로 뽑혀 나포된 안개함대 소속 함선인 '이-401'을 만나게 된다. 몇 년 동안 반응이 없던 '이-401'은 치하야 군조와 만나는 순간 기동 되는데…
