10대 중반에 외모의 성장이 멈추고 수백년을 사는 장수 민족 이올프는 인간이 사는 마을에서 멀리 떨어져 조용히 살고 있었다. 하지만 그들의 온화한 일상은 장수의 피를 요구하는 메자테 군에 의해 파괴된다. 모든 것을 잃고 외톨이가 된 이올프의 소녀 마키아는 숲을 방황하던 중 부모를 잃은 아기를 운명적으로 만나 그를 키워 나가기로 결심한다.
포켓몬 트레이너의 자격을 얻을 수 있는 10살이 되는 아침을 맞이한 지우는 오박사 연구소에서 파트너 포켓몬을 받을 예정이었지만, 늦잠을 자게 되고 마지막으로 남아 있는 낯을 가리고 사람을 잘 안 따르는 포켓몬 피카츄와 파트너가 된다. 첫만남부터 티격태격하며 우정을 쌓아가던 중 우연히 전설의 포켓몬을 목격하게 된 지우와 피카츄는 다시 한번 전설의 포켓몬을 찾아 떠나기로 약속하는데...
