일본 최대의 관동 야쿠자 조직 천도회. 천도회 6대 회장으로 추대 된 카즈마는 중진 다테와 쿠라타로 하여금 관료에게 로비하도록 해 카지노 유치에 박차를 가하지만, 관료는 갑작스런 암살로 살해당하고, 다테가 그 누명까지 쓰게 된다. 사건의 배후에 과거 숙적이었던 묘진의 동생 아키나리라는 소문이 돌고, 더불어 판왕회라는 조직은 틈을 타 경찰과 정치인까지 매수해 카지노 이권을 빼앗으려 한다. 살인자라는 오명을 씻고 이권을 되찾기 위한 천도회의 처절한 항쟁이 시작된다.
오래전 일본, ‘이가닌자’라고 불리던 닌자들은 어느 날 하늘을 가로지르는 불덩어리를 보게 된다. 그건 다름 아닌 외계인. 잔혹한 외계인들은 이가닌자를 닥치는 대로 죽이고 잡아먹는다. 겨우 살아남은 야타마와 다른 닌자들은 동료의 원수를 갚겠다며, 외계인의 뒤를 쫓지만 그들의 무기는 외계인들에게 아무 소용이 없고 결국 닌자들은 숨겨놓았던 비장의 무기를 꺼내는데...
