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우주세기 0079년 1월 23일, 루움에서 지온 공국군과 지구 연방군의 전투가 시작된다. 지온군 에이스 파일럿 샤아 아즈나블은 월등한 전투력의 붉은색 모빌 슈트 ‘자크’로 엄청난 전과를 올리며 모두에게 ‘붉은 혜성’이라 불리게 된다. 한편, 지구 연방군은 “V작전”을 계획하고, 사이드 7에서는 아무로 레이가 신병기 “건담”의 비밀에 다가가지만...
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우주 세기 0079년, 인류는 우주마저 전장으로 바꿔버린다. 세계 인구의 절반을 죽음으로 몰고가는 작전을 강행하는 지온 공국군. 이에 대한 열세를 만회하기 위해 압도적 전력으로 도전하는 지구 연방군. 그 뒤에서 교차하는 자비가 일족의 음모, 바꿀 수 없는 운명에 농락당하는 세이라 마스. 지온 군의 파일럿이 된 람바랄과 하몬. 사이드 7에서 형온히 지내는 아무로와 프라우의 일상에도 어두운 그림자가 찾아온다. 그리고 복수에 사로잡힌 지온군의 에이스, 샤아 아즈나블의 "붉은 혜성"으로서의 전설이 탄생한다.
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"새벽의 봉기" 이후 지구로 향한 샤아는 신비한 힘을 지닌 소녀 라라아 슨과 만난다. 한편 RX-78개발 계획을 추진하던 아무로의 아버지 템 레이는 지온의 모빌 슈트 개발의 중요 인물 미노프스키 박사의 망명 소식을 듣고 달로 향한다. 달 표면 트와일라잇 존에서 벌어지는 인류사상 최초의, 모빌 슈트 간의 사투, 그리고 때는 우주 세기 0079년 지구에서 가장 먼 우주 도시 사이드 3은 지온 공국이란 이름 하에 지구 연방 정부에 독립 전쟁을 벌이고 있다. 인류 전체 인구 절반을 죽음에 이르게 한, 동란의 시대가 시작되려 하고 있다.
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우주세기 0074년. 텍사스 콜로니를 떠난 에드와우 마스는 신분을 속이고, 샤아 아즈나블로서 지온 자치공화국 국방군 사관학교에 입학한다. 동기인 자비가의 막내아들 가르마 자비와 친교를 쌓는 샤아. 이윽고 두 사람은 다른 학생들로부터도 주목받는 존재가 되어갔다. 그리고 우주세기 0077년, 드디어 학생들은 독립을 위하여 지구연방군 치안기지를 향해 무장봉기한다. 하지만, 그것은 샤아의 복수를 위한 장대한 시나리오의 막을 올리는 것이었다. 지금, 역사의 수레바퀴가 돌아가기 시작한다!
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우주세기 0071년, 사이드 3, 문조 자치 공화국을 탈출하고 3년. 지온 줌 다이쿤의 유아인 캐스발, 아르테시아 남매는 짐바 랄과 함께 지구로 도피하여 테아볼로 마스 가에 몸을 의탁하면서 에드와우와 세이라라는 이름으로 평온하게 살고 있었다. 그러나 그들을 쫓는 자비 가 일족의 어둠이 다시 닥쳐오는 것이었다. 그 무렵 사이드 3은 지온 자치 공화국으로 국명을 바꿔 자비 가 일족이 실권을 장악하여 지배 체제를 굳히고 있는 한편, 지구 연방군에 맞서기 위한 신 병기, 모빌 워커의 개발에 착수했다.
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우주세기 0068년 사이드3, 문조 자치 공화국. 우주에 진출한 인간의 혁신을 설파하고 지구 연방 정부의 완전 독립을 선언하려던 지온 즘 다이쿤은 의회 단상에서 연설을 하던 중에 갑자기 쓰러져 불귀의 객이 된다. 다이쿤의 사후, 자비 가의 음모설을 제기하는 다이쿤의 측근 짐바 랄. 하지만 사이드 3, 문조의 실권을 장악하고자 하는 데긴 소도 자비가 이끄는 자비 가의 암약은 가속되고 있다. 지금까지 말해지지 않았던 격동의 역사가 밝혀지는 중에, 다이쿤의 유아(遺児)인 캐스발과 아르테시아에게는 격동의 시대를 상징하는 기구한 운명이 기다리고 있었다.