브래스 밴드의 흥겨운 음악이 흐르는 미도리다이(Midoridai) 중학교. 신입생인 사토미 쿠라하시(Satomi Kurahashi)는 신입생다운 설레임을 안고 입학식에 참석하게 된다. 친구 카나에 사와쿠치(Kanae Sawaguchi)와 코슈케 카시와기(Kosuke Kashiwagi)는 사토미와 같은반이 되고, 사토미의 부모 타케오(Takeo)와 에이코(Eiko)는 아사오카(Asaoka) 선생님이 딸의 담임을 맡게 되었다는 것을 알게 된다. 자연스럽게 사토미의 부모와 담임은 11년 전에 있었던 사건을 떠올리게 된다. 당시 미도리다이 중학교 학생이었던 사토미의 누나인 카오리(Kaori)가 갑자기 사라지게 되고, 대대적인 수사가 진행되지만 어떠한 흔적도 찾을 수 없다. 혹자는 납치되었다고도 추측하고 혹자는 정체불명의 악령에 씌었을 것이라고도 말한다. 입학 첫 날의 일정이 끝나갈 무렵 사토미와 친구들은 학교 뒷편으로 갔다가 우연히 사당을 보게 된다. 사토미는 누나 카오리가 실종되기 직전에 찍은 사진에 있던 바로 그 사당이라는 것을 알아챈다. 사토미가 사당의 녹슨 자물쇠를 쳐다볼 때 누군가 그녀의 이름을 속삭이듯 부르게 되고, 본격적으로 기이한 일들이 벌어지기 전에 사토미, 카나에와 야베(Yabe) 선생은 이층 화장실의 유리를 통해 서로를 보면서 놀라 기절한다. 곧 학교에는 "변소귀신 하나코"에 대한 이야기가 돈다. 사토미는 누나 카오리의 실종사건을 조사하기 위해 학교의 옛날 기록들을 뒤지기 시작하고 레이코 카시마라(Reiko Kashima)는 이름이 자주 등장하는 것을 확인한다. 사토미와 케내는 친구 에쓰코(Etsuko)의 제안에 따라 조심스럽게 영의 세계와의 접촉을 시도해본다. 이때부터 십일 년동안 잠자고 있던 악이 되살아 나면서 세 친구의 삶을 영원히 바꾸어놓을 공포 체험이 시작되는데.
