포켓몬 콘테스트를 위해 아라모스 마을을 찾은 지우, 빛나, 웅. 그런데 그곳에서 전설의 포켓몬 디아루가와 펄기아의 배틀이 벌어지고, 어떤 이유인지 환상의 포켓몬 다크라이까지 합세하게 된다. 지우와 피카츄, 그리고 그곳에 있던 모든 포켓몬들은 유례없는 대결로 위험에 빠진 아라모스를 지키려 하고, 그 과정에서 사상 최대의 포켓몬 대전투의 막이 열리게 되는데…
사막에서 길을 헤매던 지우와 포켓몬 일행은 '포켓몬 레인저 잭 워커(일명 잭)'을 만난다. 잭은 수중 몬스터 '마나피'의 알을 아크셔 신전까지 안전하게 배달하는 미션을 맡았다. 지우 일행은 잭과 함께 하기로 하지만 '마나피'의 알을 노린 바다의 해적인 '팬텀 톨프'의 공격을 받는다. 팬텀 톨프는 전설의 보물인 '바다의 왕관'의 힘으로써 세계정복을 이루려는 야심가! 과연 지우와 포켓몬 레인저 일행은 이 어려운 상황에서 바다의 왕자 마나피를 보호하고, 보물 '바다의 왕관'을 찾을 수 있을 것인가?
