제2차 네오디온 전쟁(샤아의 반란) 이후 12년. U.C.0105 —— . 지구연방정부의 부패는 지구오염을 가속화시켜 강제로 민간인을 우주로 끌고 가는 비인도적 정책인 「사람 사냥」도 행해지고 있다. 그런 연방정부 고관을 암살하겠다는 가혹한 행위로 저항을 시작한 것이, 반지구연방정부운동 「마프티」. 리더의 이름은 마프티 나비유 에린. 그 정체는 일년전쟁을 싸운 연방군 대좌 브라이트 노아의 아들 「하사웨이」였다. 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 이념과 이상, 의지를 담은 전사로서 길을 개척하려는 하사웨이지만 연방군 대좌 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀 기기 안달루시아와의 만남이 그 운명을 크게 바꿔간다.
의대생이자 유명한 모델인 ‘신도 아이’는 의문의 괴한들로부터 목숨의 위협을 받던 중, 업계 최고의 해결사인 시티헌터 ‘사에바 료’에게 경호를 의뢰한다. 사에바 료는 파트너 ‘마키무라 카오리’와 함께 그녀를 보호하지만, 악당들은 포기하지 않고 더욱 거세게 그녀와 시티헌터 일당을 위협한다. 적들이 상상 이상으로 위험한 집단이라는 것을 알게 된 사에바 료는 그들의 야욕을 막기 위해 위험천만한 전투에 뛰어드는데…!
U.C.0097. ‘라플라스의 상자’가 열린 지 1년. 뉴타입의 존재와 그 권리에 언급된 ‘우주세기 헌장’의 존재가 밝혀졌어도 세상의 틀은 크게 변화되지 않았다. 후에 ‘라플라스 사변’이라고 불리는 전란은 네오 지온의 잔당군 ‘소데츠키’가 와해되며 종결된 것으로 보였다. 그 최후의 전투에서 2기의 풀 사이코 프레임 사양의 모빌 수트가 인지를 초월한 힘을 보였다. 하얀 유니콘과 검은 사자. 2기의 위협은 봉인됨으로써 사람들의 의식에서 멀어져 갔고 기억에서 사라질 예정이었다. 하지만 2년 전에 행방불명 된 RX-0 유니콘 건담 3호기가 지구권에 다시 모습을 드러내기 시작했다. 금빛 ’불사조’, 그 이름은 페넥스.
리나와 가우리는 한 어촌에서 고기잡이 심부름을 하여 푸짐한 먹을거리를 확보한다. 먹을 것 앞에서는 친구에서 적으로 돌변하는 이들은 먹거리가 풍족함에도 불구하고 사투를 벌인다. 겨우 대소동이 가라앉아 사이좋게 식사를 하던 중 가우리가 문어회를 먹고난 후 문어말 밖에 하지못하는 상황이 발생한다. 진상파악에 나선 리나는 가우리말고도 문어말밖에 하지 못하게 된 사람들이 몇명 더 있다는 것을 알게된다. 아멜리아와 제르가디스까지 불러들인 리나는 문어일족과 한바탕 싸움을 벌이게 되는데...
패랭이꽃 축제에서 연극의 주연을 맡게 된 사쿠라는 방학을 맞아 일본에 온 샤오랑, 메이린과 함께 축제 준비에 한창이다. 그러나 마을에서 이상한 일들이 벌어짐과 동시에 사쿠라 카드가 한장씩 없어지는 사건이 발생한다. 에리올은 봉인된 카드를 사쿠라 카드로 바꾸면 된다고 전해주지만, 봉인된 카드는 연극 직전 소학교를 습격하여 사쿠라 카드를 대량 빼앗아간다. 사쿠라가 슬립 카드로 맞서는 것도 허사로 돌아가고, 봉인된 카드는 다시 모습을 감추는데...
