“후회하지 않기 위해, 다시 널 만나러 왔어” 산으로 둘러싸인 시골 마을, 그곳엔 꿈을 위해 쉼 없이 달려가는 자매 ‘아오이’, ‘아카네’ 그리고 ‘신노’가 있었다. ‘신노’는 함께 도쿄 상경을 약속했던 ‘아카네’를 찾아갔지만, ‘아카네’는 혼자 남을 동생 ‘아오이’로 인해 꿈을 접는다. 13년 후, 고등학생이 된 ‘아오이’는 언니에 대한 죄책감과 자신의 꿈 사이에서 방황하고 두 사람의 관계는 점점 멀어져 간다. 그러던 어느 날, 두 사람 앞에 다시는 만날 수 없을 것 같았던 ‘그’가 전혀 다른 모습의 두 사람이 되어 동시에 나타나게 되는데… “어째서 내게 다시 찾아온 거야?”
바람 축제에 온 지우와 피카츄. 이브이를 찾는 리사와 새로 만난 친구들과 함께 하던 중, 갑자기 모든 바람이 사라지고 정체를 알 수 없는 검은 연기가 마을을 뒤덮는다. 사람과 포켓몬 모두가 위험해질 위기가 찾아오자, 바람을 되찾기 위해 지우와 피카츄, 리사와 이브이, 라르고, 카가치, 히스이, 토리토의 모두가 함께하는 기적 같은 이야기가 시작된다.
세계가 멸망하는 것을 막을 수 있는 건 '성배'인 사카츠키 미유가 희생하는 것뿐이었다. 미유가 아닌 세계를 살려야 한다고 말하는 줄리안 에인즈워스에게 이리야스필 폰 아인츠베른은 둘 다 구하겠다고 대답한다. 그리고 이리야 일행은 시로와 미유가 자랐던 집에서 생활하게 된다. 시로가 미유와 함께 살았던 이유는 어떤 소원이라도 이루어줄 수 있는 '신의 아이'였던 미유를 키리츠구가 집으로 데리고 왔기 때문이었다. 하지만 여동생 미유를 되찾기 위해 줄리안이 나타나는데.
세계가 멸망하는 것을 막을 수 있는 건 '성배'인 사카츠키 미유가 희생하는 것뿐이었다. 미유가 아닌 세계를 살려야 한다고 말하는 줄리안 에인즈워스에게 이리야스필 폰 아인츠베른은 둘 다 구하겠다고 대답한다. 그리고 이리야 일행은 시로와 미유가 자랐던 집에서 생활하게 된다. 시로가 미유와 함께 살았던 이유는 어떤 소원이라도 이루어줄 수 있는 '신의 아이'였던 미유를 키리츠구가 집으로 데리고 왔기 때문이었다. 하지만 여동생 미유를 되찾기 위해 줄리안이 나타나는데.
