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IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……
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One evening, Mimi and students were stargazing through a telescope. When Creampanda peeped into the telescope, burning objects were falling. When Anpanman landed on one of them, Princess Yada appeared. The princess said that her home star of Yada was full of garbage, and asked for Anpanman's help. Anpanman thought that only Gomira could solve this and headed for Yada star with Gomira.
However, on Yada star Baikinman and the giant robot "Dust Demon" were waiting in ambush.
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일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...