중력이 망가진 도쿄에서, 소년과 소녀의 마음이 이끌린다. 본작의 무대는 세계에 쏟아진 거품 로 중력이 망가져버린 도쿄. 생활 시설이 폐쇄된 도쿄는 가족을 잃은 일부 젊은이들의 놀이터로 변했고, 빌딩과 빌딩을 가로지르는 파쿠르 팀 배틀의 전장이 되었다. 어느 날, 위험한 플레이 스타일로 주목을 받는 에이스 히비키는 궤도가 없는 플레이를 하다가 중력을 왜곡시키는 바다에 빠지고 만다. 그곳에서 갑자기 나타난 불가사의한 힘을 가진 소녀 우타가 히비키의 목숨을 구했다. 그리고, 두 명에게만 특별한 소리가 들려온다.
전 세계 개성 보유자 섬멸을 목표로 하는 수수께끼 조직 휴머라이즈. 그들이 각국에 설치한 '이디오 트리거 밤'으로부터 사람들을 구하기 위해 세계 선발 히어로 팀이 결성된다! 세계 각국의 프로 히어로와 유에이 고교 히어로과 학생들이 소집되어 각 지역에서 폭탄 회수 임무를 맡게 되는데... 엔데버 사무소에서 인턴 중인 미도리야, 바쿠고, 토도로키는 오세온에서 작전 수행 중, 어떠한 사건에 휘말리게 되고 미도리야는 이를 계기로 만난 운반책 소년 로디와 함께 경찰, 빌런의 공격을 받으며 전국에 지명수배된다. 한편, 휴머라이즈의 지도자 플렉트 턴이 범행을 예고하며 세계는 패닉에 빠지고, 히어로 팀은 절체절명의 상황에 위험을 무릅쓰고 폭탄 회수에 나서는데... 제한시간은 단 2시간! 전 세계와 히어로들의 미래가 '그들' 손에 달렸다!
