Ronald Ramessar

페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.

러시아에서 발생한 내전을 틈타 구소련 강경파 군부지도자 라첸코(다니엘 본 바르겐)는 핵미사일 기지를 포함하여 군통수권 일부를 장악한 뒤 미국 본토를 위협하는 3차대전 시나리오를 구상 중이다. 미국방성은 라첸코가 핵미사일 암호를 수중에 넣기전에 그의 전쟁 의지를 제압해야 하는 위기에 빠진다. 마침내 램지 함장(진 핵크만)의 지휘하에 핵잠수함 알라바마호의 출정이 시작되고 러시아의 핵미사일 기지 근해로 접근하던 중 러시아 잠수함의 어뢰 공격을 받게 된다. 적의 어뢰공격을 가까스로 피한 후 본국으로부터 핵미사일의 발사에 대한 단계적인 명령이 하달되기 시작하는데...