세계가 멸망하는 것을 막을 수 있는 건 '성배'인 사카츠키 미유가 희생하는 것뿐이었다. 미유가 아닌 세계를 살려야 한다고 말하는 줄리안 에인즈워스에게 이리야스필 폰 아인츠베른은 둘 다 구하겠다고 대답한다. 그리고 이리야 일행은 시로와 미유가 자랐던 집에서 생활하게 된다. 시로가 미유와 함께 살았던 이유는 어떤 소원이라도 이루어줄 수 있는 '신의 아이'였던 미유를 키리츠구가 집으로 데리고 왔기 때문이었다. 하지만 여동생 미유를 되찾기 위해 줄리안이 나타나는데.
아주 오랜 옛날, 해적들이 수많은 보물을 숨겨 둔 전설의 가파르산! 가파르산의 작은 마을 가파파. 조용하던 마을에 대소동이 일어난다. 바로 어린이들 사이에서 수수께끼의 ‘무늬무늬병’이 대유행 중! 위기에 처한 어린이들을 구하기 위해선 전설의 명약이 필요한데…! 과연, 우리의 영웅 쾌걸 조로리는 친구들과 힘을 모아 전설의 명약과 해적왕의 보물, 그리고 아리우스의 사랑까지 찾을 수 있을까?
