지우와 피카츄 일행은 '무엇이든지 소환할 수 있는 링'을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 그때, 데세르시티에서는 엄청난 포켓몬을 봉인한 '굴레의 항아리'에 사악한 기운이 흐르고...! '굴레의 항아리'를 열고 분노의 힘으로 되살아난 '검은 그림자'! 그 그림자의 정체는 바로 '후파'의 본래 모습, 초후파였다! 초후파는 힘을 되찾기 위해 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환하기 시작하고! 지우와 후파 일행은 위기에 빠진 마을을 지키키 위해 이를 대적할 가공할만한 파워의 다른 전설의 포켓몬을 소환해내는데...!
보석포켓몬 '멜리시'들이 평화롭게 살아가던 '다이아몬드 광산국'에 엄청난 위기가 찾아왔다! 바로 나라를 유지하는 힘인 '신성한 다이아'가그 운명을 다 하려 하고 있는 것! 신성한 다이아를 만슬 수 있는 것은 오직 이 나라의 공주 '디안시'뿐! 디안시는 그 힘을 얻기 위해 생명의 포켓몬 '제르네아스'를 찾아 먼 길을 떠나는데...! 그런데, 그 앞에 나타난 것은 ... 파괴의 포켓몬 '이벨타르?!' 이제 지우와 친구들, 그리고 디안시가 멸망해가는 왕국을 구하기 위한 대모험에 나선다!!
대도시 뉴톡시티에서 '포켓몬힐스'를 구경하던 지우와 친구들 앞에 갑자기 나타난 '3억 년 전 화석에서 부활한 포켓몬 게노세크트' 게노세크트를 만난 지우와 친구들은 그들을 도와주려 하지만 리더 '붉은 게노세크트'의 갑작스런 공격으로 위험에 빠진다..! 그 순간 나타나 지우와 친구들을 위기에서 구한 '전설의 포켓몬 뮤츠'. '게노세크트'와 같이 인간에 의해 태어난 뮤츠는 어떻게든 힘이 되어주려 하지만 그 마음은 전해지지 못한 채 결국 두 포켓몬은 서로 격돌하게 되는데!! 가공할만한 위력의 각성한 뮤츠, 사상 최고의 스피드를 자랑하는 게노세크트. 운명적으로 맞붙게 된 이 둘의 대결의 결과는 과연?!
