토코는 멋진 남편과 귀여운 딸과 함께 남부럽지 않은 삶을 사는 것처럼 보인다. 하지만 10년 만에 옛 애인 쿠라타를 마주치자 마음속 깊이 간직한 복잡한 감정이 조금씩 되살아난다. 한편, 쿠라타에게는 비밀이 있다. 과거와 현재가 충돌하는 순간, 토코는 아무도 상상하지 못할 결심을 내린다.
호기심 많은 물고기 소녀 포뇨는 따분한 바다 생활에 싫증을 느끼고, 급기야 아빠 몰래 늘 동경하던 육지로 가출을 감행한다. 해파리를 타고 육지로 올라온 포뇨는 그물에 휩쓸려 유리병 속에 갇히는 위기에 처하게 된다. 때마침 해변가에 놀러 나온 소년 소스케의 도움으로 구출되는 포뇨. 이후 소스케가 마련해 준 초록 양동이에서 소스케와의 즐거운 육지 생활을 시작한다. 하지만 곧 바다의 주인이자 포뇨의 아빠인 후지모토에 의해 포뇨는 다시 바다로 끌려가게 된다. 우여곡절 끝에 여동생들의 도움으로 탈출에 성공한 포뇨는 거대한 파도와 함께 소스케에게로 향하는데...
평범한 열 살 짜리 소녀 치히로 식구는 이사 가던 중 길을 잘못 들어 낡은 터널을 지나가게 된다. 터널 저편엔 폐허가 된 놀이공원이 있었고 그곳엔 이상한 기운이 흘렀다. 인기척 하나 없는 이 마을의 낯선 분위기에 불길한 기운을 느낀 치히로는 부모님에게 돌아가자고 조르지만 부모님은 호기심에 들떠 마을 곳곳을 돌아다니기 시작한다. 어느 음식점에 도착한 치히로의 부모님은 그 곳에 차려진 음식들을 보고 즐거워하며 허겁지겁 먹어대다가 돼지로 변해버린다. 겁에 질려 당황하는 치히로에게 낯선 소년 하쿠가 나타나 빨리 이곳을 나가라고 소리치는데...
북쪽의 끝, 에미시족의 마을에 어느 날 갑자기 재앙신이 나타나 마을을 위협한다. 이에 강한 힘을 소유한 에미시족의 후계자인 아시타카는 결투 끝에 포악해진 재앙신을 쓰러트리지만 싸움 도중 오른팔에 저주의 상처를 받고 죽어야 할 운명에 처하게 된다. 결국 재앙신의 탄생 원인을 밝혀 자신의 저주를 없애기 위해 서쪽으로 길을 떠난 아시카타는 여행 중에 지코라는 미스테리한 수도승을 만나 재앙 신이 생겨나게 된 이유가 서쪽 끝에 있는 시시신의 숲과 관련이 깊다는 이야기를 듣게 되고 한시 바삐 서쪽으로 향한다.
