유레카가 랜턴을 만나기 위해 창조한 스카브 코랄 속 가상 세계가 붕괴하고, 가상 세계 속 인류가 지구에 모습을 드러낸 지 10년이 지났다. 가상 세계 속에서 나타난 인류 '그린어스'와 이전부터 현실에 있던 인류 '블루어스'가 각지에서 충돌을 반복하는 가운데, 혼란을 만들어 낸 원흉인 유레카는 속죄를 위하여 국제연합군 독립사단 무임소 부대 아시드의 전투 요원이 되어 세계 평화를 위해 싸우고 있었다. 그런 그녀에게, 스카브 코랄 창조 능력을 지닌 새로운 EUREKA '아이리스'를 보호하라는 명령이 떨어진다. 한편, 그린어스군 근위기병단 부대장인 듀이 노바크 대령은 동료들과 함께 궐기, 아이리스를 납치하여 대규모 테러를 일으키려 하는데...
세계를 붕괴시킨다는 '마왕인자'를 가진 마왕후보 '카스가 아라타'는 트리니티세븐의 한 명인 아사미 리리스와 함께 유적을 조사하고 있었다.
갑작스레 날아가게 된 곳은 세계의 모든 지혜를 관장하는 곳, '천공 도서관'이었다. 그 곳에 붉은 벼락과 함께 아라타와 닮은 진홍의 마왕, 어비스 트리니티가 나타나는데.
그는 마왕을 멸망시키기 위한 마왕이자, 막강한 힘의 소유자로 오랫동안 천공 도서관에 봉인돼 있었다.
아라타의 마왕인자에 반응해 봉인이 풀린 그는 마왕으로서의 힘을 되찾고 세계를 멸망시키겠다고 하는데, 그 열쇠가 되는 것이 그의 딸 리리스였다. 아비스의 위험한 힘에 사로잡힌 리리스를 구하고 최강인 마왕을 쓰러뜨리기 위해 아라타는 마왕 병기를 찾지만,
그것을 사용하면 사람으로서의 마음을 잃고 완전한 마왕이 되어버린다는데. 아라타에게 역대 최고의 위기가 찾아온다!
