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세계 최초의 VRMMORPG <소드 아트 온라인>이 데스 게임으로 변하면서, 1만 명의 플레이어들이 게임 세계에 갇혀 버린 이후, 이미 한 달 이상이 경과했다. 강철의 부유성 '아인크라드' 제1층을 공략한 아스나는 키리토와 콤비를 맺고 최상층을 목표로 여행을 이어가고 있었다. 정보상 아르고의 협력도 더해져서, 공략은 순조롭게 진행되는 것 같았지만...
'아인크라드' 공략을 선도하는 2대 길드의 대립이 발생하고, 새로운 위협이 아스나와 키리토를 끌어들이기 시작한다.
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에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!
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일곱 특이점에서 임무를 수행하고 드디어 그랜드 오더의 최종 지점 종국특이점, 관위시간신전 솔로몬에 도착한 인리계속보장기관 칼데아. 모든 일의 원흉인 마술왕 솔로몬을 쓰러뜨리고 미래를 되찾는다. 그때를 앞둔 일행은 각자 마지막 휴식을 취하며 시간을 보내고 있었다. 로마니 아키만은 자신이 이제부터 하게 될 선택을 마슈는 얼마 남지 않은 자신의 목숨에 대해 생각한다. 그리고 최후의 작전을 준비하는 후지마루는 새로운 예장을 장착해 보고 있었다. 지금까지의 모든 만남, 그리고 모두의 미래를 걸고, 후지마루와 마슈는 드디어 최후의 작전에 임하는데....
