눈이 계속 내리는 겨울 어느 밤, 히어로 사회를 파괴하려고 계획하는 시가라키 토무라가 인솔하는 빌런 연합과 그 움직임을 사전에 포착한 히어로들의 전투가 전개되는 가운데, 남모르게 조용히 꿈틀거리는 "뭔가"가 일어나고, 그 자리를 떠났다. 마침 이즈쿠 일행의 유에이 고교 히어로과 1학년 A반이 은퇴한 No.1 히어로 올마이트의 뒤를 이어 "차세대 영웅 육성 프로젝트"의 일환으로 학급 전원에서 기간 한정의 교외 히어로 활동을 위해 일본의 훨씬 남쪽에 위치한 외딴 섬 "나부 섬"을 찾았다. 얼마 전 큰 사건이 일어나지 않았던 평화로운 섬에서 이들은 주재 영웅으로서 섬사람들의 생활을 도우며 분주했고, 그러면서도 한가한 시간을 보내고 있었다. 그러나 그 정적을 부수듯이, 갑자기 빌런들이 나부 섬을 덮쳐, 차례차례로 섬의 시설을 파괴해 간다. 그들을 지휘하는 것은, "나인". 그날 밤, 눈을 뜬 "뭔가"그 자체였다. 이즈쿠와 바쿠고 등의 1학년 A반의 멤버는 힘을 모아 빌런에 맞선다! 과연 섬을 덮치는 나인의 목적이란!? 그리고 이즈쿠 일행의 1학년 A반의 "뉴 히어로"들은 이 가장 흉악한 빌런으로부터 섬의 사람들을 지킬 수 있을까!?
지구를 빼앗기 위해 새로운 적·나하네, 오하네프 그리고 수수께끼의 거대 괴물체가 우주에서 나타났다!
그 모든 것은 초진화연구소가 몰래 개발을 진행하던 신카리온 ALFA-X가 열쇠를 쥐고 있다...!?
평온한 나날을 보내던 하야토들 팀 신카리온의 싸움이 다시 막을 올린다--!! 갑작스런 적의 공격으로 아버지·호쿠토가 행방불명되어 불안감을 감추지 못하는 하야토. 거기에 나타난 것은 시공을 넘어 온 9세인 호쿠토였다! 빛의 입자에 휩싸여 타임 슬립 해 온 소년 호쿠토는 지구를 지키기 위해서, 그리고 본래 세계로 돌아가기위해 최신 기술을 결집해 완성한 신카리온 ALFA-X의 운전사가 되기로 결심한다. 두 사람의 뜻과 함께, 홋카이도 지부·야마가타 지부·오미야 지부·나고야 지부·교토 지부·몬지 지부에서 집결한 팀 신카리온은 우주 최강의 적에 대항한다! 팀 신카리온은 일본의 평화와 안전을 지킬 수 있는가! 하야토는 아버지·호쿠토와 재회할 수 있는가!?
