어느 봄날, 아키 토모야는 벚꽃이 흩날리는 언덕길에서 운명적으로 만난 소녀 '카토 메구미'를 메인 히로인으로 삼아서 동인 게임을 제작하기로 마음을 먹는다. 미술부 소속이지만 동인 일러스트레이터로도 활동 중인 ‘사와무라 스펜서 에리리’, 우등생이면서 라이트노벨 작가로도 활약하고 있는 3학년 선배 ‘카스미가오카 우타하’를 영입한 그는, 게임 제작 동아리 ‘블레싱 소프트웨어’를 결성해서 시행착오 끝에 첫 작품을 발표한다ㅡ. 에리리와 우타하는 인기 크리에이터 코사카 아카네가 기획을 맡은 대작 게임 [필즈 크로니클]의 개발 멤버로 스카우트된다. 한편 블레싱 소프트웨어 대표인 토모야는 서클 활동을 이어 나가면서 일러스트레이터인 하시마 이즈미, 프로듀서인 하시마 이오리, 음악 밴드 아이시 테일의 효도 미치루, 그리고 부대표 메구미와 함께 신작 게임의 개발을 시작하는데…
현실과 이웃하고 있지만 전혀 다른 또 하나의 세계 '니노쿠니' 고등학생인 유우와 친구 하루는 소꿉친구인 코토나를 둘러싼 사건을 계기를 두 세계를 넘나들게되는데.. 현실과 니노쿠니의 2명의 코토나의 생명에 위험이 동시에 다가오는 중, 3명과 '니노쿠니'를 둘러싼 "궁극의 선택"이란?
밴드 활동을 하며 여자에게도 인기가 많은 쿠사카베 히카루. 고교 입시에서 만점을 받은 인재 사죠 리히토. 도무지 접점이 없어 보이는 두 남학생은 합창 대회 연습을 계기로 친해진다. 음을 느끼고 목소리에 귀를 기울이고 화음을 만들어가며 둘의 마음은 공명하기 시작하는데… 느긋하게 고조되다 뜻밖의 순간에 터져버리는 사랑의 감정. 순수하고 솔직한 쿠사카베 히카루와 그를 밀어내면서도 조금씩 마음을 열어가는 사죠 리히토. 청춘의 풋풋함 속에서 고민하고, 망설이며 앞으로 나아가고자 하는 그들이 깨달은 마음이란…