그날, '너브기어' 를 우연히 머리에 쓴 '유우키 아스나' 는 원래 인터넷 게임과는 무관하게 살고 있는 중학교 3학년 소녀였다. 게임 마스터는 통보했다. '이건 게임이지만 놀이가 아니다' 게임 속에서의 죽음은, 그대로 현실에서의 죽음으로 이어진다. 그 말을 듣게 된 모든 플레이어들이 혼란에 빠지고, 게임 속은 아비규환의 도가니가 되었다. 그중 한 사람이었던 아스나였지만, 그녀는 세계의 룰조차 모른 채 정상이 보이지 않는 강철의 부유성 '아인그라드' 공략에 나선다. 죽음과 맞닿아 있는 세계에서 살아나가던 와중에 아스나에게 찾아온 '만남'. 그리고 '이별'. '눈앞의 현실'에 휘둘리면서도 꿋꿋이 싸우는 그녀 앞에 나타난 건, 고독한 검사 키리토였다....
운동도, 공부도 잘하고 노래는 조금 많이 좋아하는 완벽한 전학생 ‘시온’은… 사실 테스트 중인 AI 로봇이다. 정체를 들키지 않으면 테스트는 성공! 모니터 기간은 단 5일! 남다른 친화력으로 금세 인싸로 거듭난 ‘시온’은 교내 AI들과도 수상한(?) 우정을 나누며 학교생활에 적응한다. 한편, 같은 반 외톨이 소녀 ‘사토미’는 눈만 마주치면 “행복해?”라고 묻는 ‘시온‘이 사실은 엄마가 수 년간 연구해온 AI라는 것을 알게 된다. 유별난 AI ‘시온’의 정체를 알게 된 친구들이 하나 둘 늘어나고, 눈덩이처럼 불어나는 사건들을 남몰래 수습하던 ‘사토미’는 ‘시온’이 숨기고 있던 상상도 못했던 비밀을 발견하는데…
전 세계 개성 보유자 섬멸을 목표로 하는 수수께끼 조직 휴머라이즈. 그들이 각국에 설치한 '이디오 트리거 밤'으로부터 사람들을 구하기 위해 세계 선발 히어로 팀이 결성된다! 세계 각국의 프로 히어로와 유에이 고교 히어로과 학생들이 소집되어 각 지역에서 폭탄 회수 임무를 맡게 되는데... 엔데버 사무소에서 인턴 중인 미도리야, 바쿠고, 토도로키는 오세온에서 작전 수행 중, 어떠한 사건에 휘말리게 되고 미도리야는 이를 계기로 만난 운반책 소년 로디와 함께 경찰, 빌런의 공격을 받으며 전국에 지명수배된다. 한편, 휴머라이즈의 지도자 플렉트 턴이 범행을 예고하며 세계는 패닉에 빠지고, 히어로 팀은 절체절명의 상황에 위험을 무릅쓰고 폭탄 회수에 나서는데... 제한시간은 단 2시간! 전 세계와 히어로들의 미래가 '그들' 손에 달렸다!
