고등학교 1학년 여름. 외딴 섬에서 가출해, 도쿄에 온 호타카. 그러나 생활은 곧 곤란해졌고, 고독한 나날의 끝에 겨우 찾아낸 일은, 수상한 오컬트 잡지의 작가 일이었다. 그의 앞날을 시사하는 듯, 연일 쏟아지는 비. 그런 가운데, 잡담으로 북적거리는 도시 한 편에서, 호타카는 한 소녀를 만난다. 어떤 사연을 안고, 남동생과 둘이서 밝고 씩씩하게 사는 소녀, 하루나. 그녀에게는, 이상한 능력이 있었다. "저기, 지금부터 맑아질 거야." 조금씩 비가 그치고, 아름답게 빛나는 거리. 그것은 기도하는 것만으로, 하늘을 맑게 하는 힘이었다.
시골에 사는 소녀 미츠하(가미시라이시 모네)는 어느 날 잠에서 깬 후 자신의 몸이 남자로 바뀐 걸 알게 된다. 같은 시간, 도쿄에 사는 소년 타키(가미키 류노스케) 역시 이 기이한 상황을 겪고 있다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들... 서로에게 이어진 끈을 알게 된 둘은 둘만의 규칙을 정하고 점차 상황을 받아들이기 시작한다. 서로에게 남긴 메모를 확인하며 점점 친구가 되어가는 타키와 미츠하. 언제부턴가 더 이상 몸이 바뀌지 않자 자신들이 특별하게 이어져있었음을 깨달은 타키는 미츠하를 만나러 가는데...