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따분한 게 질색인 아이, 이시다 쇼야. 간디가 어떤 사람인지, 인류의 진화과정이라든지, 알게뭐람. 어느 날 쇼야의 따분함을 앗아갈 전학생이 나타났다. 니시미야 쇼코. 그 아이는 귀가 들리지 않는다고 한다. 쇼야의 짓궂은 장난에도 늘, 생글생글 웃고만 있다. 짜증난다. 그의 괴롭힘에 쇼코는 결국 전학을 갔고, 이시다 쇼야는 외톨이가 되었다. 6년 후, 더 이상 이렇게 살아봐야 의미가 없음을 느낀 쇼야는 마지막으로 쇼코를 찾아간다. 처음으로 전해진 두 사람의 목소리. 두 사람의 만남이 교실을, 학교를, 그리고 쇼야의 인생, 쇼코의 인생을 바꾸기 시작한다.
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오마에 쿠미코는 중학교 3학년 관악부 콩쿠르에서 본 코사카 레이나의 눈물을 여전히 잊지 못하고 있다. 고등학교에 진학한 쿠미코는 카토 하즈키, 카와시마 사파이어의 권유로 관악부에 들어가지만 제일 중요한 관악부의 연주실력은 빈말로도 잘한다고 말하기 힘든 수준이었다. 그러나 관악부에 타키 노보루라는 새로운 고문 선생님이 오면서 상황은 완전히 달라진다. 타키 선생님의 스파르타 지도에 반발하면서도 조금씩 실력이 좋아지는 모습에 자신감을 가지게 되는 부원들. 쿠미코도 아주 조금씩이지만 레이나와의 거리를 좁혀간다. 선라이즈 페스티벌부터 콩쿠르 멤버 선발 오디션까지 다양한 시련을 뛰어넘은 관악부는 관악콩쿠르 교토부 대회에 출전하는데… 그리고, 다음 곡이 시작됩니다!
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물을 접하고 느끼는 데 특별한 애착을 가진 나나세 하루카. 초등학교 시절 마지막 혼계영 대회에서 타치바나 마코토, 하즈키 나기사, 마츠오카 린과 함께 '본 적 없는 풍경'에 도달한다. 그리고 벚꽃 흐드러지는 봄, 하루카와 마코토는 이와토비 중학교에 진학한다. 새로운 생활이 시작되려 하는 것이다. 수영부에 입부한 하루카와 마코토는 시이나 아사히, 키리시마 이쿠야와 넷이서 혼계영 팀을 짜서 시합에 도전한다. 사고방식도 목표도 각기 다른 네 사람. 그들은 모두 저마다의 고민을 안고 있었다. 그 와중에 혼계영 연습도 순탄하지가 않은데... 한 팀이 되기 위해 필요한 건 무엇일까? 과거의 혼계영에 갇혀버린 하루카는 새로운 장소에서 무엇을 생각하나?
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옥상에서의 만남부터 ‘경계의 저편’과 벌인 처절한 싸움도 끝나고, 기적적으로 미라이는 돌아왔지만 그녀가 이계사라는 고통스럽고 괴로운 운명뿐 아니라 아키히토와의 소중한 기억까지 잃어버렸다. 새학기를 맞았지만 미라이의 기억은 여전히 돌아오지 않고, 아키히토는 기억을 잃은 그녀를 배려해서 일부러 거리를 둔다. 아키히토의 그런 생각도 모른 채, 본능적으로 그에게 다가가는 미라이. 그런 두 사람 앞에 미라이를 아는 누군가가 나타나면서 아키히토의 작은 희망도 헛되게 그녀는 다시 자기자신과 마주 보게 될 싸움을 맞이하게 된다.
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어려서부터 우사기야마 상점가 안 ‘타마야’떡집의 딸로 자라온 고 3 소녀 타마코는 자나 깨나 ‘떡’과 상점가, 그리고 방과 후 서클 바통부에 대한 생각뿐이다. 그러던 어느 날, 이웃 사촌이자 오랜 시간을 함께 보낸 친한 친구 모치조가 타마코에게 좋아한다고 고백한다. 갑작스러운 고백에 당황한 타마코는 그 자리를 황급히 피해버리고, 그 날 후로 모치조와 어색한 사이가 되어 버린다. 하지만 친구 미도리로부터 모치조가 도쿄의 대학에 진학하기 위해 떠난다는 사실을 알게 된 타마코는 지금까지 자신도 알지 못했던 모치조에 대한 마음을 깨닫게 되는데…
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고교 1학년 겨울, 스즈미야 하루히가 이끄는 SOS단원들은 전과 다름 없는 평범한 일과를 보내며 다가오는 크리스마스에는 부실에서 전골 파티를 열 계획을 세우고 있었다. 하지만 12월 18일 아침, 평소의 등굣길에서 쿈은 감기에 걸린 같은 반 타니구치와의 대화가 이상하게 어긋나는 것에 위화감을 느끼는데, 교실에 들어가니 독감이 유행이라며 많은 사람이 콜록대고 있었고 자신의 뒷자리의 하루히도 그 중 하나였다. 점심시간, 쿈은 구니키다와 점심을 같이 먹는데 타니구치와 마찬가지로 대화가 잘 되지 않고, 그 때 독감에서 회복됐다는 여학생들이 교실로 들어오는데 그 중 반년 전 나가토 유키와의 전투에 패해 소멸한 후 표면적으로는 캐나다로 전학간 것으로 된 반장 아사쿠라 료코가 분명한 자신의 뒷자리인 스즈미야 하루히의 자리에 앉는 게 아닌가!