오직 탑클래스 능력자들만 입학할 수 있는 Y학원. 이곳에 특별한 ‘YSP 선출기준’으로 선발된 진묘한이 들어온다. 진묘한과 친구들은 Y학원에서 벌어진 사건 해결 미션을 받게 되고, 수수께끼 아이템 ‘YSP워치’로 골치였던 학교 폭력사건을 해결하는데 성공한다. 그리고, 그들 앞에 불가사의한 사건들이 연이어 일어나기 시작하는데! YSP워치의 숨겨진 파워와 거대 변신로봇의 정체는? Y학원의 비밀을 둘러싼 요절복통 파란만장 요괴 모험 활극이 시작된다!
사악한 요괴에게 가족의 영혼을 빼앗긴 ‘서민’은 영혼을 되찾을 방법을 알고 있는 ‘고귀한’과 요괴를 보는 소녀 ‘천송이’의 도움으로 요괴워치를 손에 넣는다. 귀요미 요괴 ‘깜냥이’와 요괴 삼총사를 소환한 세 친구는 소중한 가족을 되찾기 위해 신비롭고 환상적인 요마계로 떠나는데…
여행 중, 포켓몬 트레이너 「린」을 만난 지우 일행은 시합으로 지친 포켓몬을 쉬게 하려고 가장 가까운 포켓몬센터가 있는 마을로 향한다. 마을의 이름은 그린필드. 마음에 평안을 주는 녹색의 리조트 지대였을 터이지만... 그린필드 거대한 집에서 혼자 살고 있는 소녀 「미이」. 어느 날 밤 행방불명 된 아버지 「쉬리」가 남긴 기묘한 문자의 카드를 나열하던 것이 계기가 되어, 수수께끼의 포켓몬 「안농」이 나타난다. 그리고 그린필드는 순식간에 결정으로 뒤덮여간다. 그 때 갑작스런 결정화에 놀라는 지우 일행 앞에 나타난 것은 전설의 포켓몬 「앤테이」. 어째선지 앤테이는 지우의 엄마를 결정탑으로 데려가버린다. 앤테이를 아빠라고 부르는 미이였지만, 과연 쉬리는 앤테이가 되어버린 것일까? 지우는 엄마를 데려올 수 있을까? 사랑과 용기와 가족의 유대를 그린 포켓몬 어드벤처!
세계 최강의 포켓몬을 만들겠다는 생각을 한 과학자들은 뮤의 머리카락으로 뮤츠라는 복제를 만들어낸다. 그러나 뮤츠는 뮤와는 달리 흉폭한 성격으로 인간들을 증오하는 마음을 가지고 있다. 또한 자신을 이용하여 세계를 정복하려는 로켓단의 두목을 뒤로 하고 뉴아일랜드 성으로 향한다. 스스로 가장 강한 포켓몬 트레이너라고 칭하던 뮤츠는 다른 트레이너들의 포켓몬들을 납치하여 원래의 포켓몬보다 뛰어난 실력을 가진 복제 포켓몬을 만들어내는데...
