Shinobu Yamaguchi

마술사 '마스터'와 영령 '서번트'가 모든 소원을 이뤄주는 '성배'를 둘러싸고 싸우는 '성배전쟁'. 하지만 그 싸움은 일그러져 있었다. 마토 사쿠라는 자신이 저지른 죄와 함께 마키리의 잔으로서 각성하여 깊은 어둠 속에 빠지고 말았다. 그런 사쿠라를 지키겠다고 맹세한 소년, 에미야 시로는 토오사카 린과 함께 사쿠라를 어둠 속에서 구하고 일그러진 '성배전쟁'을 끝내기 위해 자신의 몸을 돌보지 않고 가혹한 싸움에 몸을 던진다. 소년의 소망은 소녀에게 닿을 것인가. 끝을 향해 달려가는 '성배전쟁' 최후의 싸움이 드디어 시작된다.

10년 만에 후유키시에서 시작된 [성배전쟁]은 이 전쟁의 3대 가문인 마토 가문의 당주 마토 조켄의 참전으로 인하여 일그러지고, 뒤틀리고, 어긋나 버렸다. 마스터로서 싸움에 가담한 에미야 시로도 부상을 입고 서번트인 세이버마저 잃어버렸지만, 그는 마토 사쿠라를 지키기 위해 싸움에서 물러나지 않는다. 하지만 그녀 또한 마술사의 숙명에 사로잡히는데...

조금 이상하지만 평생 잊지 못할 그 여름이 시작된다. 초등학교 4학년인 아오야마는 매일같이 세상을 공부하고 알게 된 것을 노트에 기록하는 남자아이. 영리한 데다 매일 노력을 아끼지 않고 공부하기 때문에 “아마 나중에 위대한 사람이 될 거야”라고 자신도 생각한다. 그런 아오야마에게 다른 무엇보다 흥미로운 것은, 아오야마가 다니는 치과의 ‘누나’. 상냥하고 가슴이 크며 자유분방하지만 어딘가 신비로운 구석이 있는 사람. 아오야마는 날마다 누나에 대한 연구도 부지런하게 하고 있다. 여름 방학을 한 달 앞둔 어느 날, 아오야마가 사는 교외의 마을에 펭귄이 나타난다. 놀란 마을 사람들이 소란스러운 사이에, 바다도 없는 주택가에 갑자기 나타났다가 사라진 펭귄들은 대체 어디에서 와서 어디로 간 걸까 …? 펭귄의 수수께끼를 풀기 위해 [펭귄 하이웨이] 연구를 시작한 아오야마는, 누나가 던진 콜라 캔이 펭귄으로 변신하는 것을 목격한다. 당황한 아오야마에게 누나는 웃으며 말했다. “이 수수께끼도 풀어 보렴. 어때, 할 수 있겠어?” 한편, 아오야마와 그의 연구 친구인 우치다에게 같은 반 친구 하마모토가 숲속 초원에 떠 있는 투명하고 커다란 둥근 물체의 존재에 대해 알려준다. 골목대장 스즈키 일행이 훼방 놓아도, 펭귄과 그 둥근 물체인 “바다”의 연구를 이어가는 아오야마와 친구들. 마침내 아오야마는 “바다”와 펭귄, 그리고 누나에게는 어떠한 연결고리가 있지 않을까 하고 생각한다. 그러던 어느 날, 누나의 몸 상태에 이상한 변화가 일어나고, 동시에 이상한 현상이 마을을 덮친다. 마을에 대피 지시가 내려지고, 아오야마는 어느 을 가지고 뛰기 시작한다! 과연 누나와 펭귄, 그리고 “바다”의 수수께끼는 풀릴 것인가?

마술사 "마스터"와 영령 "서번트"가 모든 소원을 이뤄주는 「성배」를 둘러싸고 싸우는 「성배전쟁」이 벌어진 지 10년. 지난 「성배전쟁」의 참가자인 에미야 키리츠구의 양자, 에미야 시로는 그를 연모하는 소녀, 마토 사쿠라와 함께 평온한 나날을 보내고 있었다. 그러나 「성배전쟁」은 다시 시작되고 곳곳에서 벌어지는 살인사건으로 후유키 시는 불온한 기운에 휩싸인다. 시로는 사쿠라를 자기 집에 머물게 하기로 결정하고, 자신이 소환한 서번트인 세이버와 함께 마술사인 토오사카 린과 동맹을 맺고 「성배전쟁」에 나서기로 결심하는데... 하지만 이 싸움은 암약하는 자들에 의해 크게 일그러지기 시작한다.