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보석포켓몬 '멜리시'들이 평화롭게 살아가던 '다이아몬드 광산국'에 엄청난 위기가 찾아왔다! 바로 나라를 유지하는 힘인 '신성한 다이아'가그 운명을 다 하려 하고 있는 것! 신성한 다이아를 만슬 수 있는 것은 오직 이 나라의 공주 '디안시'뿐! 디안시는 그 힘을 얻기 위해 생명의 포켓몬 '제르네아스'를 찾아 먼 길을 떠나는데...! 그런데, 그 앞에 나타난 것은 ... 파괴의 포켓몬 '이벨타르?!' 이제 지우와 친구들, 그리고 디안시가 멸망해가는 왕국을 구하기 위한 대모험에 나선다!!
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대도시 뉴톡시티에서 '포켓몬힐스'를 구경하던 지우와 친구들 앞에 갑자기 나타난 '3억 년 전 화석에서 부활한 포켓몬 게노세크트' 게노세크트를 만난 지우와 친구들은 그들을 도와주려 하지만 리더 '붉은 게노세크트'의 갑작스런 공격으로 위험에 빠진다..! 그 순간 나타나 지우와 친구들을 위기에서 구한 '전설의 포켓몬 뮤츠'. '게노세크트'와 같이 인간에 의해 태어난 뮤츠는 어떻게든 힘이 되어주려 하지만 그 마음은 전해지지 못한 채 결국 두 포켓몬은 서로 격돌하게 되는데!! 가공할만한 위력의 각성한 뮤츠, 사상 최고의 스피드를 자랑하는 게노세크트. 운명적으로 맞붙게 된 이 둘의 대결의 결과는 과연?!
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수수께끼의 힘에 의해 자신이 없는 미래 세계에 버려진 긴토키는 혼란스럽고 통제불능인 에도 거리를 목격한다. 그는 그곳에서 성장한 모습의 신파치와 카구라를 만난다.
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흉악한 죄인들은 지옥의 영원한 감옥을 탈출하기로 하고, 사신 대행인 이치고가 자유의 열쇠임을 알게 된다. 죄인들은 공격을 개시하고 이치고의 여동생을 납치한다.
