세계 최초의 VRMMORPG <소드 아트 온라인>이 데스 게임으로 변하면서, 1만 명의 플레이어들이 게임 세계에 갇혀 버린 이후, 이미 한 달 이상이 경과했다. 강철의 부유성 '아인크라드' 제1층을 공략한 아스나는 키리토와 콤비를 맺고 최상층을 목표로 여행을 이어가고 있었다. 정보상 아르고의 협력도 더해져서, 공략은 순조롭게 진행되는 것 같았지만...
'아인크라드' 공략을 선도하는 2대 길드의 대립이 발생하고, 새로운 위협이 아스나와 키리토를 끌어들이기 시작한다.
그날, '너브기어' 를 우연히 머리에 쓴 '유우키 아스나' 는 원래 인터넷 게임과는 무관하게 살고 있는 중학교 3학년 소녀였다. 게임 마스터는 통보했다. '이건 게임이지만 놀이가 아니다' 게임 속에서의 죽음은, 그대로 현실에서의 죽음으로 이어진다. 그 말을 듣게 된 모든 플레이어들이 혼란에 빠지고, 게임 속은 아비규환의 도가니가 되었다. 그중 한 사람이었던 아스나였지만, 그녀는 세계의 룰조차 모른 채 정상이 보이지 않는 강철의 부유성 '아인그라드' 공략에 나선다. 죽음과 맞닿아 있는 세계에서 살아나가던 와중에 아스나에게 찾아온 '만남'. 그리고 '이별'. '눈앞의 현실'에 휘둘리면서도 꿋꿋이 싸우는 그녀 앞에 나타난 건, 고독한 검사 키리토였다....
요정족과 여신족, 그리고 마신족 등이 존재하는 세계. 리오네스 국왕 탄신일을 맞아 최상의 음식 재료인 천공어를 찾던 [일곱 개의 대죄] 단장 ‘멜리오다스’와 말하는 돼지 ‘호크’는 우연히 발견한 신비한 샘을 통해 ‘천익인’들이 살고 있는 천상의 세계 ‘천공궁’으로 가게 된다. 3천 년간 봉인되어 있던 흉악한 마수가 깨어나지 못하도록 의식을 준비하던 ‘천익인’들은 ‘멜리오다스’를 법도를 어긴 천익인 소년 ‘소라다’로 오해하고 감옥에 가두어 버린다. 그리고 지상에 내려온 ‘소라다’는 [일곱 개의 대죄] 단원들을 만나게 되고, 자신과 닮은 ‘멜리오다스’와 서로 운명이 바뀐 것을 알게 된다. 결국 ‘소라다’와 함께 ‘천공궁’으로 향하는 [일곱 개의 대죄] 단원들. 때마침 ‘벨리온’이 이끄는 잔학무도한 마신족 집단 [흑의 6기사]가 봉인을 풀기 위해 천익인들의 목숨을 제물로 바치고자 습격을 시작하고, ‘천공궁’은 절체절명의 위기에 처하는데…
