Hiroshi Onodera

스페이스 고지라를 물리치고 1년 뒤, 고지라와 리틀 고지라가 살던 버스 섬이 갑자기 소멸하고 둘도 모습을 감춘다. 얼마 안 지나 몸이 불타오르는 고지라가 홍콩에 나타난다. 버스 섬이 폭발하면서 그 지하에 있던 천연 우라늄의 영향으로 고지라 체내가 불안정하게 변해 언제 핵폭발할지 모르는 상태가 된 것임이 판명된다. G-FORCE는 슈퍼 X-3 등을 동원하여 고지라를 얼리고 최대한 폭발을 막아보려고 한다. 한편, 국립물리연구소의 이쥬인 켄사쿠는 이상한 미생물들을 발견한다. 아주 먼 옛날 지구에 산소가 없던 시절에 나타났던 미생물들이 초대 고지라를 죽인 옥시전 디스트로이어의 영향을 받아 진화한 데스토로이아였다. 데스트로이아는 연구실을 탈출해 하수구를 통해 시나가와 수족관으로 흘러들어간다. 이윽고 수족관에서는 물고기들이 뼈만 남고 산화하는 사건들이 일어난다. 데스토로이아는 수족관을 중심으로 점점 성장해나간다. G-FORCE는 데스토로이아가 냉동에 약하다는 것을 알아채고 메이서를 동원해 집중 공격한다.

메카고지라가 패배한 이후 G-포스는 메카고지라의 후속기체인 모게라를 건조하는 M프로젝트와, 고지라의 몸에 사이킥 증폭기를 달고 사에구사 미키의 텔레파시로 조종한다는 T프로젝트의 연구를 진행한다. 사에구사 미키를 비롯한 T프로젝트의 연구진들은 고지라가 살고 있는 버스 섬에 자리를 잡고 연구를 진행하고 있었다. 한편, 과거에 고지라의 습격으로 전우를 잃은 유우키 아키라 소좌는 이들보다 더 먼저 버스 섬에 자리 잡고, 고지라에게 복수하기 위해 칼날을 갈고 있었다. 다만, 버스 섬에 있던 리틀 고지라에게는 그런 감정이 없어 적당히 친하게 지내고 있었다. 사에구사 미키는 버스 섬에서 T프로젝트 연구를 돕던 도중, 우주로 갔던 모스라와 코스모스에게서 지구가 위험하다는 경고를 받는다.

외계인 현상범 사냥꾼인 이리아는 도주한 고대의 생물병기 '제이람'을 포획하기 위해 지구상에 제한시간이 있는 무인밀폐공간 '존'을 생성한다. 하지만 우연히 두명의 지구인이 존 내부에 들어오게 되었다. 존은 제한시간이 끝내면 내부가 그대로 소멸되어 버리기에, 이리아는 지구인들을 지키면서도 제이람을 잡아야 하는 복잡한 상황에 놓인다