만화가 지망생인 니시는 지하철에서 어릴 적 첫사랑이자 소꿉친구였던 묜을 우연히 만나게 된다. 묜의 언니네 가게에 초대를 받은 니시. 그곳에서 묜의 약혼자를 소개받고 자신은 결혼 상대가 아니라는 것을 실감한다. 그런데 갑자기 묜 아버지의 돈과 여자 문제로 야쿠자가 나타나고 상황은 예기치 못한 방향으로 흘러가게 된다.
오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...
