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노비타는 공룡 박람회의 화석 발굴 체험에서 발견한 화석을 공룡알이라고 굳게 믿는다. 도라에몽의 비밀도구 '타임보자기'로 화석을 원래 상태로 되돌리자 지금껏 알려지지 않은 새로운 종의 쌍둥이 공룡이 태어난다. 노비타를 닮아서 조금 믿음직스럽지 못한 큐와 말괄량이 뮤. 노비타는 개성의 차이로 고생하지만 부모처럼 사랑과 애정을 듬뿍 주며 키운다. 하지만 결국 큐와 뮤가 현재 시대에서 살아가기에는 한계가 오고 만다. 큐와 뮤를 원래의 시대로 데려다주기로 결심한 노비타는 도라에몽, 친구들과 6600만년 전으로 출발하고 큐와 뮤의 친구 공룡들을 찾는 여정을 시작한다. 도라에몽의 비밀도구와 공룡들의 힘을 빌려 공룡의 발자국을 따라간 노비타 일행이 도착한 곳은 신비의 섬. 공룡이 멸종했다고 알려진 백악기에서 큐와 뮤 그리고 노비타 일행에게 기다리고 있는 운명은!?
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고등학교 1학년 여름. 외딴 섬에서 가출해, 도쿄에 온 호타카. 그러나 생활은 곧 곤란해졌고, 고독한 나날의 끝에 겨우 찾아낸 일은, 수상한 오컬트 잡지의 작가 일이었다. 그의 앞날을 시사하는 듯, 연일 쏟아지는 비. 그런 가운데, 잡담으로 북적거리는 도시 한 편에서, 호타카는 한 소녀를 만난다. 어떤 사연을 안고, 남동생과 둘이서 밝고 씩씩하게 사는 소녀, 하루나. 그녀에게는, 이상한 능력이 있었다. "저기, 지금부터 맑아질 거야." 조금씩 비가 그치고, 아름답게 빛나는 거리. 그것은 기도하는 것만으로, 하늘을 맑게 하는 힘이었다.
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달 탐사기에서 의문의 흰 그림자가 발견됐다는 뉴스 속보로 진구는 그것이 ‘달 토끼’라고 주장하지만 아무도 믿지 않는다. 진구는 도라에몽과 함께 ‘같은 것을 믿게 하는 배지’를 이용해 달의 뒷면에 토끼 왕국을 만들기로 하고 우연히 신기한 힘을 가진 ‘에스펄’이라는 종족의 아이들과 만나게 되는데…! 과연 도라에몽과 친구들은 우주를 위협하는 악당 ‘디아블로’에 맞서 에스펄 친구들을 구할 수 있을까?
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태평양 한복판에 새로운 섬이 솟아나다니. 보물이 묻혀 있는 전설 속의 섬이 틀림없어. 도라에몽, 아니 캡틴 도라와 친구들, 모두 노진구올라호에 어서 승선하라고. 이제 우리는 보물섬을 찾아 전속력으로 나아갈 거니까.
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가출을 결심한 도라에몽과 친구들은 타임머신을 타고 아무도 없는 7만년 전 원시시대로 떠난다. 자연 속에서 신나게 자유를 즐기던 도라에몽과 친구들은 다시 집으로 돌아오지만, 그곳에서 시간의 틈에 빠져 현대로 오게 된 원시인 ‘쿠쿠루’를 만나게 된다. 그러던 중 쿠쿠루의 부족인 태양족이 정령왕 ‘기가좀비’와 어둠족에게 습격 당했다는 소식을 듣게 되고, 마침내 도라에몽과 친구들은 쿠쿠루와 함께 원시시대로 돌아가 태양족을 구하기 위해 맞서는데...
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나른한 오후, 팥빵을 잔뜩 먹고 졸음을 참지 못한 도라에몽은 벽장 속에서 낮잠을 자던 중 누군가가 자신의 목에 달린 노란 방울을 훔쳐갔다는 사실을 알고 혼비백산한다. 도라에몽 4차원 주머니 속에서 셜록홈즈 세트를 꺼내 추리해보니, 범인의 이름은 ‘괴도디럭스’. 단서는 ‘22세기 비밀도구 박물관’! 비밀도구들이 하나씩 사라질 때마다 의문의 예고장을 보내는 괴도디럭스의 정체를 찾아 진구와 친구들은 함께 나서는데…
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곤충씨름에서 이기기 위해, 500년 전 장수풍뎅이를 불러오려다가 ‘자이언트 모아’를 데려온 진구와 도라에몽. 이미 멸종된 ‘자이언트 모아’를 위해, 고대 동물들이 모여 산다는 “베레가몬드 섬”으로 가게 된다. 여기서 기적의 섬의 파워를 훔치려는 악덕 상인 샤먼의 음모와 만나게 되는데…