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극악무도한 폭파범 플라먀에 의해 교묘한 함정에 빠진 아무로 토오루! 모든 것이 베일에 가려진 플라먀, 유일한 단서는 아무로 토오루가 그의 경찰 동기들과 마지막으로 함께 했던 하루. 이와 동시에 결혼식의 신부가 된 경시청의 사토 형사는 불길한 예감을 감출 수 없는데…
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전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다.
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갑작스러운 폭발로 대혼란에 빠지고 만 오사카의 한 TV 방송국.마치 테러와도 같은 사건. 하지만 범인의 정체는 물론 범행 목적조차 파악되지 않는 상황이 계속되고, 혼란 속에서 코난과 친구들은 헤이지의 약혼자임을 주장하며 당돌하게 대시하는 카루타(일본의 전통 카드 게임) 대회 고교 챔피언 오오카 모미지를 만나 더욱 당황한다.한편, 방송국 폭발과 동시에 교토에서는 카루타 대회 2년 연속 우승자가 살해당하는 사건이 발생하고, 현장의 TV에서는 다름 아닌 모미지의 경기 모습과 함께 한편의 시가 고요히 울려 퍼지고 있었는데......