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제2차 네오디온 전쟁(샤아의 반란) 이후 12년. U.C.0105 —— . 지구연방정부의 부패는 지구오염을 가속화시켜 강제로 민간인을 우주로 끌고 가는 비인도적 정책인 「사람 사냥」도 행해지고 있다. 그런 연방정부 고관을 암살하겠다는 가혹한 행위로 저항을 시작한 것이, 반지구연방정부운동 「마프티」. 리더의 이름은 마프티 나비유 에린. 그 정체는 일년전쟁을 싸운 연방군 대좌 브라이트 노아의 아들 「하사웨이」였다. 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 이념과 이상, 의지를 담은 전사로서 길을 개척하려는 하사웨이지만 연방군 대좌 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀 기기 안달루시아와의 만남이 그 운명을 크게 바꿔간다.
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우주세기 0087년, 지구권에서 일어난 전란은 혼선에 혼선을 거듭해 가고 있었다. 연방군의 엘리트 조직인 티탄즈와 반(反) 지구연방조직인 에우고(A.E.U.G)의 내전이 한창이던 시기, 에우고를 지휘하는 입장에 서게 된 크와트로(샤아)와 티탄즈를 자신의 것으로 만들고자 하는 '목성에서 귀환한 남자' 시로코, 그리고 자비가문을 부흥시키려는 지온군의 잔당 액시즈의 지도자 하만 칸이 그 속에 있었다. 세 개로 분리된 세력은 지구권역의 패권을 둘러싸고 각자의 이익을 위해 정치적 또는 전투적으로 고도의 전략을 펼치고 있었다. 그러는 사이 전황은 거대 레이저포로 개조된 스페이스콜로니 그리프스2를 둘러싼 최종국면으로 접어든다. 전장에서는 사람들의 애정과 증오가 교차하고 있었다. 에우고를 떠나 시로코의 수하가 된 레코아. 시로코를 따르고 있지만 에우고의 카뮤 일행을 동경하는 소녀 사라. 여러가지로 교차되는 사람들의 감정을 받아들이면서 Z건담은 혼란스러운 전장을 날아오르고, 드디어 카뮤는 알게 된다. 자신이 정말로 쓰러뜨려야 할 사람이 누구인지, 전란의 불씨를 잠재울 수 있는 방법은 무엇인지를... 전란의 끝에서 진실을 알게 된 카미유를 기다리고 있는 운명은 과연 무엇인가!?
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인류가 처음으로 경험한 대규모의 우주 전쟁은 지구 연방 정부와 지온 공국 간의 싸움이었다. 그 마지막 1년 동안은 인간형 기동 병기, 다시 말해 모빌수트를 실전에 활용하는 테스트 기간이라 불러도 좋을 정도였다. 그로부터 약 10년 후인 우주세기 0087년. 지구의 사람들과 스페이스 콜로니에 사는 사람들과의 대립은 지금도 계속되어, 사고 방식의 간극은 좀처럼 메워지지 못한 채라 할 수 있었다. 스페이스 콜로니 그린노아2에 사는 소년 카미유 비단은 연방군 군인들에 대한 반발심으로 신형 모빌수트 건담Mk-Ⅱ를 탈취하여, 반(反)지구연방 조직 에우고(A.E.U.G)에 가담한다. 건담 Mk-Ⅱ를 빼앗긴 연방군의 엘리트 조직 티탄즈는 카미유의 부모를 인질로 삼는 치졸한 작전을 강행하고, 그 결과 카미유는 눈 앞에서 양친을 잃게 되고 만다. 양친의 죽음을 슬퍼할 새도 없이 에우고의 작전에 참가하게 된 카미유는, 대기권을 돌파해 지구로 강하하여 한 남자를 만나는데, 그 사람은 바로 오래전 샤아의 라이벌이었던 전설적인 인물 아무로 레이였다...
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2012년 12월 도쿄. 해질녘까지 남아 이야기를 나누던 카미나 아야토와 미시마 하루카. 그들이 있는 교실에 편지를 손에 숨긴 아사히나 히로코가 들어온다. 하루카는 가족들과 만나 도쿄를 벗어난다. 그때, 기묘한 돔 형태의 반구가 나타나 도쿄를 뒤덮는다. 아야토의 상태가 걱정되는 하루카는 아야토의 이름을 부르짖지만 이미 도쿄는 격리되어버렸다. 그로부터 3년 후. 아야토는 그전과 아무런 차이없는 생활을 보내고 있었다. 도쿄밖의 세상은 모두 멸망했는다는 이야기와 함께 하루카의 존재조차 까맣게 잊어만 갔다. 그런 평온한 매일이 지속되던 중, 정체를 알 수없는 괴물체가 도쿄를 공격한다. 공격을 피하며 도망치던 아야토의 앞에 하루카의 환영이 나타난다. 환영에 이끌려 도착한 곳에는 시토 하루카라는 이름의 소녀가 있었다. 아야토가 또다른 하루카와 만난 그 순간, 세상은 예상치 못한 방향으로 움직이기 시작한다.