Yuki Araki

시마 린은 고향인 야마나시를 떠나, 나고야의 작은 출판사에 취직해 혼자서 생활하고 있었다. 어느 주말, 투어링 계획을 세우고 있던 린에게 고등학교 친구인 오가키 치아키가 갑작스럽게 보낸 문자가 왔다. “나 지금 나고야에 있는데.” 야마나시 관광 추진 기구에서 일하는 치아키는 몇 년 전에 폐쇄된 모 시설의 재개발 계획을 맡고 있었다. “그렇게 넓은 부지면 캠핑장이라도 만들든가.” 린이 무심코 내뱉은 말 한마디에 움직이기 시작한 치아키. 도쿄의 아웃도어 매장에서 일하는 카가미하라 나데시코, 고향인 야마나시에서 초등학교 교사가 된 이누야마 아오이, 요코하마의 애견 미용실에서 근무하는 사이토 에나.

에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!

10년 만에 후유키시에서 시작된 [성배전쟁]은 이 전쟁의 3대 가문인 마토 가문의 당주 마토 조켄의 참전으로 인하여 일그러지고, 뒤틀리고, 어긋나 버렸다. 마스터로서 싸움에 가담한 에미야 시로도 부상을 입고 서번트인 세이버마저 잃어버렸지만, 그는 마토 사쿠라를 지키기 위해 싸움에서 물러나지 않는다. 하지만 그녀 또한 마술사의 숙명에 사로잡히는데...

마술사 "마스터"와 영령 "서번트"가 모든 소원을 이뤄주는 「성배」를 둘러싸고 싸우는 「성배전쟁」이 벌어진 지 10년. 지난 「성배전쟁」의 참가자인 에미야 키리츠구의 양자, 에미야 시로는 그를 연모하는 소녀, 마토 사쿠라와 함께 평온한 나날을 보내고 있었다. 그러나 「성배전쟁」은 다시 시작되고 곳곳에서 벌어지는 살인사건으로 후유키 시는 불온한 기운에 휩싸인다. 시로는 사쿠라를 자기 집에 머물게 하기로 결정하고, 자신이 소환한 서번트인 세이버와 함께 마술사인 토오사카 린과 동맹을 맺고 「성배전쟁」에 나서기로 결심하는데... 하지만 이 싸움은 암약하는 자들에 의해 크게 일그러지기 시작한다.

세계가 멸망하는 것을 막을 수 있는 건 '성배'인 사카츠키 미유가 희생하는 것뿐이었다. 미유가 아닌 세계를 살려야 한다고 말하는 줄리안 에인즈워스에게 이리야스필 폰 아인츠베른은 둘 다 구하겠다고 대답한다. 그리고 이리야 일행은 시로와 미유가 자랐던 집에서 생활하게 된다. 시로가 미유와 함께 살았던 이유는 어떤 소원이라도 이루어줄 수 있는 '신의 아이'였던 미유를 키리츠구가 집으로 데리고 왔기 때문이었다. 하지만 여동생 미유를 되찾기 위해 줄리안이 나타나는데.