Tomoya Asami

고등학교 1학년 여름. 외딴 섬에서 가출해, 도쿄에 온 호타카. 그러나 생활은 곧 곤란해졌고, 고독한 나날의 끝에 겨우 찾아낸 일은, 수상한 오컬트 잡지의 작가 일이었다. 그의 앞날을 시사하는 듯, 연일 쏟아지는 비. 그런 가운데, 잡담으로 북적거리는 도시 한 편에서, 호타카는 한 소녀를 만난다. 어떤 사연을 안고, 남동생과 둘이서 밝고 씩씩하게 사는 소녀, 하루나. 그녀에게는, 이상한 능력이 있었다. "저기, 지금부터 맑아질 거야." 조금씩 비가 그치고, 아름답게 빛나는 거리. 그것은 기도하는 것만으로, 하늘을 맑게 하는 힘이었다.

마술사 "마스터"와 영령 "서번트"가 모든 소원을 이뤄주는 「성배」를 둘러싸고 싸우는 「성배전쟁」이 벌어진 지 10년. 지난 「성배전쟁」의 참가자인 에미야 키리츠구의 양자, 에미야 시로는 그를 연모하는 소녀, 마토 사쿠라와 함께 평온한 나날을 보내고 있었다. 그러나 「성배전쟁」은 다시 시작되고 곳곳에서 벌어지는 살인사건으로 후유키 시는 불온한 기운에 휩싸인다. 시로는 사쿠라를 자기 집에 머물게 하기로 결정하고, 자신이 소환한 서번트인 세이버와 함께 마술사인 토오사카 린과 동맹을 맺고 「성배전쟁」에 나서기로 결심하는데... 하지만 이 싸움은 암약하는 자들에 의해 크게 일그러지기 시작한다.

1999년 2월, 료우기 시키는 코쿠토 미키야로부터 자취를 감춰버렸다. 그리고, 시키가 사라지자 마자 짜맞춘 것 같은 타이밍으로 연속해서 일어나는 연속 엽기 살인 사건. 3년 전, 자신이 살인귀라고 칭한 시키. 계속 시키를 믿을 거라고 맹세한 미키야. 미키야는 시키의 무죄를 증명하기 위해 살인 사건의 조사를 시작한다. 그러던 도중 미키야는 어떤 마약 사건을 계기로 고등학교 선배인 시라즈미 리오(白純里緒)와 재회하는데.......